2013年7月，为响应“以病人为本，以疾病为中心”的号召，同时实行专业化、精细化的管理理念要求，仁济医院将原耳鼻咽喉-头颈外科与普外科优势资源整合，成立以头颈部疾病诊断治疗为主要任务的头颈外科，是上海最早成立头颈外科的医院之一。头颈外科主要收治甲状腺及甲状旁腺肿瘤（包括原发/继发性甲状旁腺功能亢进症）、喉部肿瘤（包括喉部息肉等良性病变及喉癌）、涎腺肿瘤、颈部软组织肿瘤等疾病。头颈外科现有医生13名，其中主任医师2名，副主任医师2名，主治医师4名，住院医师5名。科内大部分医生拥有一年以上的海外交流经历，与欧美地区诸多业内领先科室保持了良好的临床和科研合作关系。遵循“走出去、请进来”的方针，科内多名医生曾在国际会议上发言交流成果，也定期在国内参与举办国际化学术会议，交流头颈肿瘤诊治前沿理念。科室下辖两个病区，经几次扩充后拥有41张正式床位。科室成立短短6年，已发表国内外论文共40余篇（其中SCI论文近20篇），取得和完成国家级、市级、局级等课题近10项。
科室年手术量稳步提升，2018年手术量近2500台，其中上海市重点病种甲状腺恶性肿瘤手术达1300余台，稳居全市综合性医院手术量前三位；科室特色手术，每年原发性/继发性甲状旁腺功能亢进手术近120余台；科室新技术，每年腔镜甲状腺手术60余台；各类咽喉部良恶性肿瘤近100台。科室甲状腺肿瘤手术已达到上海领先水平，甲状旁腺肿瘤手术更已达到全市第一水平。
从科室成立伊始，头颈外科就倡导从患者出发，联合各相关临床科室进行多学科病例讨论与学术交流。横向集合核医学科、超声医学科、内分泌科、肾脏内科、胸外科、放疗科、肿瘤科等兄弟科室专家每年进行甲状腺及甲状旁腺疾病宣教、讲座与义诊，获得了广大患者及家属的欢迎及一致认可。科室在医院领导大力支持下，首批成立甲状腺及甲状旁腺疾病多学科诊治中心（MDT，Multidisciplinary treatment）。采用多学科联合的形式，通过多学科协作优化了诊疗程序，诊治了大量疑难危重病例，赢得了患者的口碑；并通过与超声、检验科联合开展甲状腺癌术前穿刺及BRAF基因检测，建立“形态-功能-病理-基因”的规范化甲状腺结节临床评估及管理系统；并在院内达成了甲状旁腺肿瘤诊治共识，大大降低了甲状旁腺肿瘤，特别是继发性甲状旁腺功能亢进症的围手术期死亡率。
