仁济医院眼科是上海交通大学医学院博士授予权学科、上海交通大学医学院眼科视觉科学研究所、上海市眼科住院医师规范化培训基地，也是上海眼科学会眼底病学组组长单位、上海眼科学会小儿眼病及斜弱视学组副组长单位。科室2013年门急诊量约110000人次、手术量逾3600例。
科室在仁济南院、东院、西院皆有建制，拥有医务工作者40余名，其中绝大多数医师获得硕（博）士学位。在具有高级职称的9名眼科专家中，包括博士研究生导师、硕士研究生导师、主任医师、副主任医师。
科室拥有进口的白内障超声乳化机、玻璃体切割机、OCT、准分子激光机、眼底激光光凝机、YAG激光机、冷冻机、角膜地形分析系统、手术显微镜、视网膜血管造影仪、A/B超声诊断仪、自动电脑视野仪、非接触眼压计、间接眼底镜、电脑验光仪等多种先进的常规检查治疗设备，还拥有全配的Constellation超声乳化玻璃体切割一体机（目前为顶级白内障、玻璃体视网膜手术系统，最高切割速率5000转）及泪道内窥镜诊疗系统等先进的手术设备。
仁济医院眼科常规开展白内障超声乳化手术、斜视手术、泪道手术、玻璃体视网膜手术、激光角膜屈光手术、青光眼手术等。
微创白内障超声乳化手术是目前眼科的主流手术，也是仁济医院眼科特色诊疗项目之一。熟练的医生对绝大多数患者10分钟之内即可完成手术，手术安全系数极高，且不需注射麻药、不需缝线，年龄不受限制（从几个月的婴幼儿到百岁老人均可手术）。除普通老年性白内障外，各种复杂白内障（如糖尿病、葡萄膜炎等多种眼病及青光眼、视网膜脱离等各种眼科手术引起的并发性白内障，小儿先天性白内障，成人久病未治的白核、硬核老年性白内障，以及伴有青光眼、晶状体半脱位的特殊白内障等）也在仁济医院眼科常规手术。还常规开展多种人工晶状体植入（如高视觉质量的非球面人工晶状体、可调节型人工晶状体、虹膜夹持型人工晶状体、带虹膜人工晶状体、悬吊人工晶状体等）
微创玻璃体视网膜手术代表着当代眼科手术的技术水平以及玻璃体视网膜手术的发展方向，也是仁济医院眼科特色的诊疗项目之一。全配Constellation超声乳化玻璃体切割综合手术平台除了拥有目前先进的23G、25G 玻切系统外，还能匹配最新的25G plus玻切系统，精确控制眼内压和开合比，实现每分钟5000转的超高切速，并自带氙灯照明和眼内激光。熟练的医生应用该系统能更好地减小手术创伤，缩短手术时间，减少术中和术后并发症，缩短患者康复期。大量实施视网膜脱离、糖尿病视网膜病变、眼外伤、黄斑裂孔、视网膜前膜、玻璃体出血等多种常见和疑难眼病的玻璃体视网膜手术，以及复杂的前后段复合眼病的多联手术，挽救了许多失明患者的眼球，其中部分患者恢复了一定的视功能。
斜视和弱视是严重影响外观和双眼视功能的疾病，因此患有斜视和弱视应该尽早进行积极的治疗。采取综合手段个体化地进行难治性弱视的治疗，以屈光矫正为先导，精细目力训练为基础，加以网络治疗、药物治疗为辅助手段，从提高视力为出发点，努力提高双眼同视功能，融合功能和立体视功能，弱视的治愈率和有效率明显提高。我院针对不同的斜视类型和程度，选择采用戴镜屈光矫正、压贴三棱镜和手术治疗。斜视手术矫正是我科传统特色，对于复杂性斜视（尤其是垂直性斜视）具有独特的方法和手段，病人来自华东地区甚至全国各地。
在近视眼矫正方面，形成了对于不同年龄的群体采用最为适合的矫正方法。青少年群体可以有框架镜矫正，角膜塑形镜矫正。对于散光程度较大，尤其是具有潜在性圆锥角膜的患者可以进行硬性角膜接触镜的佩戴矫正。对于18岁以上近视度数稳定的患者可以进行准分子激光矫正，采用量体裁衣的方法，按需选择波前相差引导的切削模式（WASCA），角膜地形图引导的切削模式（TOSCA）。可以采用LASIK ,LASEK,EP-LASIK等不同的手术方式。针对近视同时伴有斜视的患者，结合我科的斜视屈光诊疗的特色,近年来开始进行准分子激光近视矫正联合斜视矫正手术治疗,取得良好的效果。
在继承外伤性泪小管手术方面的经验和特色的同时，不断拓展泪小管损伤性疾病的研究。在外伤性泪小管急性期、亚急性期、陈旧期等各个阶段能采取不同的手术方法。该技术为我科另一特色，病员来自全国各地。泪道激光手术以及在上海市率先开展内窥镜下激光泪囊造口术，避免了常规手术产生的外表切口。
针对浦东地区外伤车祸频繁的特点，我科大量开展眼外伤的医疗工作，如外伤性泪小管手术、角膜穿通伤、眼球破裂伤、外伤性白内障手术等等。2000年在浦东完成了首次角膜移植手术。
