消化内科、内镜室组建于1989年，现有主任医师3名，副主任医师1名，主治医师2名，医师2名。长期以来，采用中西医结合治疗急性上消化道出血、消化性溃疡、HP相关性胃病、食道疾病、胆囊炎胆石症、急性轻重症胰腺炎、慢性胰腺炎、炎症性肠病、慢性结肠炎、结肠易激惹综合征、出血性小肠炎、缺血性肠病等常见病、多发病以及消化系统少见疑难杂症，取得良好的临床疗效。学科带头人张闽光副主任医师为福建省中西医结合学会消化病分会常委、泉州市医学会消化病分会常委、泉州市医学会消化内镜分会副主任委员。
消化内镜室配备有电子胃镜二台、电子结肠镜一台、C14尿素呼气试验检测仪，高频电凝电切仪一台及相关配套设施、微波治疗仪一台、食道－贲门扩张器一套及各种内镜下治疗辅助设备。每周一至周六上午开展普通胃镜或无痛胃镜检查，电子结肠镜检查时间为每周三、五下午。目前已开展急性上消化道出血内镜下止血，胃食管异物夹除术，内镜下消化道良性肿物摘除术，贲门失驰缓及吻合口狭窄扩张术，晚期食管癌、结肠癌支架置放术等内镜下治疗。
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