中医科是集临床、科研、教学为一体的临床科室，是南京中医药大学实习生教学的重点科室，有主任中医师6名，副主任中医师7名，南通市名中医1名。中医技术力量居全市第一。
为充分发挥中医特长，中医科依托医院综合实力，多项科研申报立项，并且面向各科病人积极开展中西医结合治疗工作。专家专科门诊以诊治心脑血管疾病、呼吸病、脾胃病、肝胆病、肾病、糖尿病、痹证、痛证及内科疑难杂症为擅长。同时，对妇科、儿科、外科等疾病的治疗也有丰富的经验。每年冬季提供煎膏服务，针对个体需要，加工含糖膏滋、低糖膏滋、无糖膏滋三大类。中医中药治疗疾病安全性高，毒副作用少，疗效持久。
