肛肠科是临床一级科室，承担着基层卫生院肛肠科医生的临床进修任务，多年来为多家基层卫生院培养了痔瘘科医生。
该科技术力量雄厚，所有应诊医师均为南京中医药大学毕业并经过省肛肠培训班专业进修，熟练掌握了所有肛肠疾病的检查，诊断和治疗技术。目前肛肠科门诊与病房均有高年资副主任医师负责诊治。
科内仪器设备齐全、优良，拥有冷光源系列肛肠检查设备、电离子肛肠治疗机、电脑肛肠全自动治疗仪，诊疗医师可根据病人的不同疾病，分别采用中西医结合的诊疗手段高效高质量地解除肛肠疾病患者的痛苦。可利用肛门镜检查内痔，肛乳头病变，肛隐窝炎，直肠下段息肉，癌肿，出血等疾病，利用直肠镜，乙结肠镜可检查溃疡性结肠炎，结直肠癌、息肉等病变。为了减轻病人痛苦，节省病人医疗费用，对肛周脓肿，采用一次性切开根治术，解除病人二次手术的麻烦，利用电离子刀及电脑全自动治疗仪对肛瘘、肛裂、肛乳头瘤、尖锐湿疣等患者可进行切开，切除或结合挂线等方法根除瘘管，促进肛裂修复。使用电脑全自动治疗仪，高频电容场的干热原理对痔核进行快速干结凝固3—5天痔核自然脱落，每个痔核治疗只需3—5秒钟，快速、简便、无痛苦，治疗后并发症少，安全性能好。
与江苏省中医院肛肠科建立了良好的医疗合作关系，遇到重大疑难疾病可及时与省内著名肛肠病专家取得联系并来医院进行手术，可节省病员的医疗费用，减少麻烦，使病员能得到正确高效的治疗。
