启东市人民医院呼吸内科是启东市唯一的肺部疾病专业诊疗科室，也是南通市呼吸内科临床重点专科。
科室人力资源丰富，拥有专科医生10名，其中高级职称3名、主治医师4名，科主任为南通市中青年科学技术带头人，所有医生均先后在北京协和医院、上海中山医院、长海医院、胸科医院、南京胸科医院、通大附院等国内知名医院进修深造。
科室硬件设备齐全在省内处于领先地位，拥有目前世界上最先进的奥林巴斯电子支气管镜和软质胸腔镜、14台进口无创呼吸机和有创呼吸机、微波治疗仪、高频电、氩气刀、肺功能仪、睡眠监测仪、排痰机、电子气胸仪、压缩雾化吸入机等高档设备，在疾病的诊断和治疗中起到了举足轻重的作用。
科室重点开展肺部肿瘤、胸膜疾病、慢性阻塞性肺病（英文简称COPD，即通常所说的老慢支、肺气肿、气管炎等疾病）、肺心病、哮喘、支扩、肺结核、气胸、间质性肺病、鼾症的治疗。其中，肺癌的高剂量联合化疗、靶向治疗、生物免疫治疗、微波、高频电、氩气刀治疗、中药辅助治疗等多学科联合治疗，疗效显著，延长了不少晚期肺癌患者的生命，同时也为一些病人争取了手术机会；对癌性胸水患者采用细硅胶管插管胸腔闭式引流术结合胸腔内注药治疗，显著提高了晚期肿瘤病人的生活质量，延长了生存期，该课题荣获南通市科技进步奖；在省内率先开展慢性阻塞性肺病呼吸衰竭病人的无创、有创机械通气序贯治疗，抢救了无数生命垂危的病人；其中慢性阻塞性肺病无创呼吸机治疗水平和规模一流。对自发性气胸病人开展微创细管插管胸腔闭式引流术和内科胸腔镜治疗，减轻病人痛苦，缩短病程，减少费用；对大咯血病人的介入治疗也独具特色；另外，采用药物雾化吸入疗法治疗顽固性咳嗽，也是该科治疗特色之一，治疗效果显著。科室在呼吸内镜诊断、治疗，应用无创呼吸机治疗COPD、呼吸衰竭、重症哮喘，肺部肿瘤的综合治疗方面均处于省内领先地位，多项临床课题已结题或立项，并多次荣获南通市新技术引进奖，治疗理念和水平堪称一流。
