医院的重点科室之一，由神经内科和内分泌科两个专科组成，设置有重症病房、卒中单元病房、康复训练室、优质病房、普通病房及阳光活动室。
在专科建设方面，神经内科主攻脑血管疾病和癫痫等发作性疾病，擅长于治疗脑出血和脑血栓形成（脑梗塞），率先在江西省开展颅内血肿微创清除术治疗脑出血，效果良好，成功挽救了许多病人的生命；采用超早期静脉溶栓治疗早期脑梗塞取得了良好疗效；在结合针灸、物理作业疗法对各种瘫痪患者进行康复治疗，效果显著；在颅内感染性疾病、帕金森病、周围神经病变、头痛头晕等疾病的诊断治疗方面处于市内领先水平。内分泌科主攻代谢性疾病（糖尿病等）和甲状腺疾病，开展了胰岛素泵强化治疗糖尿病和局部微创注射治疗重症甲状腺功能亢进症，在糖尿病及其并发症、甲状腺功能亢进症、甲状腺功能减退症的治疗都取得了令人满意的效果。近年来科室先后有《颅内血肿微创清除术对脑出血并脑疝形成的抢救研究》等多项科研项目通过验收，达到国内先进或省内领先水平，并获得市科技进步奖。
