中医科始建于1956年，现有工作人员15人，其中主任医师2人、副主任医师5人、主治医师2人。3名医护人员先后赴韩国、日本进行学术交流或专业研修。近年来，病房年均收治超过300人次，全部采用中医药和中西医结合方法治疗取得疗效。在完成门诊、病房工作同时，中医科承担医院内各科的中医会诊工作，年均超过1000人次。
科室设有中医内科、针灸科、中医消化、中医痔科、中医高血压病、中医妇科、中医肛肠病专科等专科。中医内科长期运用中医药治疗外感内伤杂病、疑难病具有丰富的经验;针灸科对各种骨关节、软组织疼痛、颈、腰椎增生、腰椎间盘突出症、中风后遗症、神经性面瘫运用针灸、推拿、牵引等自然疗法治疗，效果显著，曾为包括澳大利亚前总理霍克在内的外国友人针灸;中医消化专科擅长于中西医结合治疗慢性胃炎、消化性溃疡、肝炎、胆囊炎、结肠炎以及消化道肿瘤等病种。
中医肛肠病专科对各种肛肠病采用具有中医特色的手术和药物治疗，在全市率先开展PPH手术治疗环状内痔新技术，具有疗程短、痛苦小、复发率极低的特点，已完成肛肠病各类手术1200多例;中医高血压病专科运用中西医结合方法治疗高血压病以及各种伴随症状，提高疗效;中医妇科开展中医药治疗妇女经、带、胎、产等疾病积累了经验。以上各专科每周都安排有专家门诊，以中医药治疗为特色，为病员提供优质服务。
2002年研制的解热宁颗粒、肠毒清口服液、灌肠液、消咳糖浆等中药制剂，先后经省、市药监局批准应用，其中解热宁颗粒的制剂工艺获得国家技术发明专利。由市科委立项资助的科研项目“解热宁颗粒的临床应用研究”，获2005年度南通市科技进步三等奖。先后在国家级核心统计源期刊发表论文18篇，省、市级期刊76篇，省、市级学术交流38篇。参加编写《中医胃肠病学》、《中医临证与方药应用》，先后由中国科技出版社和人民卫生出版社出版。
