南通市第三人民医院儿科设置全面，专业涉及新生儿、小儿呼吸、消化、肾脏、心血管营养代谢及神经、精神发育，设有专科门诊、专家门诊、夜门诊，均由知识全面、经验丰富的副主任医师以上医生接诊服务。
① 呼吸专业：主治小儿呼吸道感染、哮喘、反复呼吸道感染、中西医结合防治及哮喘预防。
② 消化专业：主治小儿各种急慢性胃炎、肠炎，有适用于小儿检查治疗的超细、超声胃镜和肠镜。
③ 肾脏专业；主治小儿急性肾炎、肾病综合症、泌尿系感染，并采用中西医结合预防复发，减轻西药副作用。
④ 新生儿专业：主治新生儿黄疸、感染、缺氧缺血脑病、脑神经发育行为评价及功能训练指导。
⑤ 心血管专业：心肌炎、心脏病、川畸病、先心病诊治。
⑥ 营养代谢及脑发育障碍的诊治、训练指导。
⑦ 变态反应专业：主治小儿过敏性疾病、哮喘、过敏性紫癜、紫癜肾炎等，可通过我院引进最先进、准确过敏原检测仪，确定过敏诱因。
