南通市第三人民医院心内科始建于1996年，后分别与上海第二医科大学及上海胸科医院联姻，建立了上海第二医科大学心血管介入中心南通分中心及上海胸科医院心脏中心南通分中心。科室现有临床医师10余人，其中高级以上医师5人。科室拥有除颤仪、心电遥测系统、动态心电图、动态血压、DSA、多导电生理仪等大型设备。
经历10年的临床研究及实践，科室在能完成高血压、冠心病、风心病、心肌炎心肌病、心包疾病及心律失常、心力衰竭的诊治方面积累了丰富的临床经验。科室对心血管慢性病患者建立了健康档案，并进行定期跟踪及健康宣教，确保高血压、冠心病等慢性疾病得到长期的健康指导。
借助于技术引进，科室在心脏介入治疗方面也有了突飞猛进的发展，常规开展心脏起搏器安装、冠状动脉造影剂冠状动脉内支架植入、心律失常射频消融及先天性心脏病封堵等各类心脏介入治疗，其中经桡动脉冠状造影及介入治疗、三腔心脏起搏、植入式心脏除颤器（ICD）的安装在我市独领风骚。
