眼科是南平市的眼病防治中心。除眼科临床外，附设视光中心。
科室拥有一批价值100多万元的高、精、尖眼科仪器
目前开展了以下诊疗项目：
眼科常见疾病诊治：结膜炎、角膜炎、青光眼、白内障、色素膜炎、视网膜病、视神经病等。
眼科手术：白内障超声乳化吸除+人工晶体植入术、白内障现代囊外摘除+人工晶体植入术、青光眼小梁切除术、虹膜周边切除术、眼部肿物切除、翼状胬肉切除+干细胞移植术、结膜瓣遮盖术、泪道疏通术、斜视矫正术等眼科手术。
眼部整形手术：上脸下垂矫正术、眼脸内外翻矫正术、眼窝凹陷填充术，瘢痕去除术等。
小儿眼科：斜视与弱视的诊治、斜视与弱视训练、近视和远视等屈光不正验光矫正。
