心理咨询门诊是进行心理咨询、治疗及科研、教学的部门，是广西心理卫生协会指定的心理咨询师教学实习基地。设有心理咨询室、心理治疗室、心理测查室，配备有生物反馈仪、脑波治疗仪、音乐治疗仪等先进设备，心理测验使用全自动心理CT检测，包括人格测试、智能测试、心理健康状况测试、行为测试等60多种心理测验量表。
心理咨询与治疗的范围包括恐怖症、强迫症、焦虑症、疑病症、惊恐发作、抑郁症等神经症；自杀行为、成瘾行为与儿童青少年心理障碍；中风、肿瘤、心脑血管病等躯体疾病导致的心理障碍；学生考试综合征、适应障碍；各种睡眠障碍；婚姻、家庭、工作、学习、人际交往障碍及其它心理行为问题，也对精神分裂症康复期进行心理指导。
