南京市市级机关医院骨科为南京市级医学重点专科（连续十年），门诊设在医院一楼，专家门诊设在医院二楼（每周一下午南京第一医院王黎明教授坐诊）。病区设在八楼，拥有骨科病床32张。骨科人才梯队合理，技术力量雄厚，现有主任医师两名、副主任医师一名、主治医师两名，住院医师三名，其中硕士研究生五名。在关节、脊柱、创伤、骨肿瘤以及骨质疏松等疾病的诊治方面拥有较高水平，在南京市及周边地区具有较大的影响力。常规开展四肢骨折的闭合、切开复位内固定术、关节镜手术、腰椎间盘突出髓核摘除术等项目，每年完成数百例高难度四级手术，如人工膝关节、髋关节、肩关节置换术、脊柱椎弓根螺钉内固定术、椎间融合术、人工髓核置换术、恶性骨肿瘤的关节离断术等。其中，微创膝关节表面置换术、微创全髋关节置换术均获南京市新技术引进二等奖；人工肩关节置换术、经皮椎体成型术、人工椎间盘置换术等已达到国内先进水平。在专科特色上，以老年骨科为发展方向，针对老年人骨病的特点，开设了关节痛、腰痛以及骨质疏松的专科门诊。骨科还拥有美国史赛克公司关节镜、西门子C臂机、骨科牵引床、各种功能康复治疗仪等专科设备。医院拥有大型医疗设备，如西门子DR、西门子螺旋CT、核磁共振、双能X线骨密度仪等，为骨科的发展提供了良好的支撑平台。在科研方面，完成市级以上包括卫生部课题九项，核心期刊发表论文二十余篇。
