耳鼻咽喉科创建于1978年，经过20余年的发展，现已成为南京及其周边地区有影响的专科。目前有主任医师1人，副主任医师2人，住院医师3人，实行全天24小时门诊及手术。现有小儿支气管镜、手术用显微镜、中耳分析仪、耳声发射仪、脑干听觉诱发电位仪、微波治疗仪等。
耳鼻咽喉科20年来共近5000例儿童进行了支气管镜检查，为近1000例儿童进行了食道镜检查，年龄最小者为一个月内的新生儿。为4000余例患儿从气管、支气管内取出异物，使那些长期不明原因咳喘、肺不张、肺气肿、肺炎的儿童得到有效的治疗，并使一些喉、气管、支气管、肺发育畸形的儿童得到明确论断。耳鼻咽喉科成功地抢救了数百名因喉气管异物及炎症肿瘤而至呼吸道梗阻濒死的儿童。听力障碍是儿童常见的症状。耳鼻咽喉科拥有一流的听力检测设备和半盲的临床经验，能及时比较准确地对各种原因引起各类听力下降作出诊断，并提出治疗方案。鼾症是儿童常见的上呼吸道不全梗阻的症状，影响儿童的智力发育和心肺功能，耳鼻咽喉科成功地为近2000名儿童进行了扁桃体摘除及腺样体抠除术，使他们的鼾症得到根治。另外耳鼻咽喉科开展常规的手术，如乳突根治术、鼻息肉摘除术、鼻咽喉的肿瘤切除术、食道疤痕狭窄扩张术等，并开展耳鼻部畸形矫正术、腭裂修复术。
