南京市第一医院呼吸内科是南京市临床重点专科，国家级药物临床试验基地，现有高级专业技术职称人员8名，教授、副教授4名，硕士生导师4名，硕、博士10名，床位80张。该科对慢性阻塞性肺病伴呼吸肌疲劳、呼吸衰竭、支气管哮喘、肺癌、大咯血、胸腔积液、肺栓塞、各种肺部感染性疾病及肺间质性疾病具有丰富的诊治经验。该科拥有多台进口有创、无创呼吸机，电子、纤维支气管镜系统，VRIxp肺部呼吸成像诊断系统，多导睡眠生理监测仪（PSG），冷冻、微波治疗仪，排痰仪，肺功能仪及其它先进大型医学仪器。近年来，该科在医教研方面取得了优异的成绩，曾获得多项省、市医学科技术进步奖、新技术引进奖、江苏省高等教育科研成果奖和南医大优秀教学成果一等奖等。承担省、市级科研项目多项，在核心期刊发表论文200余篇。
