南京市鼓楼医院从1933年开展理疗业务至1960年成立理疗科。1994年正式更名为康复医学科，2006年恢复康复医学科独立建制。
康复医学科现有在编工作人员15人，博士研究生3人，硕士研究生1人，主治医师2人，医师2人，主管技师2人，本科学历康复治疗师8人。
康复医学科设有本部门诊和北院门诊，在北院门诊四楼设有省市一流，具有国内领先设备的大型而完善的康复治疗中心。接受来自全国各地及国际友人的康复咨询与康复治疗工作。同时又是江苏、浙江、安徽等省市高等医学院校康复治疗技术专业定点临床教学医院（基地）。
特色康复
骨科康复、脑血管病康复、脊髓损伤康复、颅脑外伤的康复、软组织损伤及骨关节损伤后的康复、颈肩腰腿痛康复、面瘫、盆腔炎的康复、传统康复治疗、运动疗法等。
