南京鼓楼医院生殖医学中心于2000年正式建立。与南京大学生命科学院分子医学研究所联合成立了南京大学中心（基础部）。生殖中心工作用房占地约700m2，按卫生部要求设置了免疫室、遗传室、人工授精室、取卵室、净化培养室、冷冻和精液处理室等20多个功能室。
2001年11月，国家卫生部组织全国著名专家对中心进分子生殖医学行全面审核，鼓楼医院生殖医学中心为全国首批5个准予开展辅助生殖技术的生殖中心之一，也是目前全省最大规模的生殖医学中心。
南京鼓楼医院生殖医学中心开展宫腔内人工授精技术（IUI）、常规试管婴儿技术（IVF-ET）、卵胞浆内单精子注射技术（ICSI）、胚胎冷冻技术、胚胎植入前遗传学诊断技术（PGD）、卵子赠送技术、未成熟卵体外成熟培养等一系列辅助生殖技术。
南京鼓楼医院生殖医学中心有妇产科、泌尿外科临床医师、胚胎学专家、专业护师共20人。其中主任医师6人，副主任医师1人，博士生导师1人，硕士生导师5人。年接诊不孕症患者3万余人次，完成试管婴儿（包括IVF-ET、ICSI）数千周期，临床妊娠率为55-60%，冷冻胚胎临床妊娠率为40%，其他方法治疗后受孕的患者数以千计。
