风湿免疫科，创建于1979年，是江苏省临床重点专科、南京市医学重点专科。编制床位42张（层流病床2张），医护人员32人，其中主任医师3人，副主任医师4人。
上世纪八十年代，风湿免疫科在国内率先开展血浆置换治疗红斑狼疮、类风湿关节炎、硬皮病，用甲氨蝶呤治疗类风湿关节炎，率先开展干燥综合征的临床研究，用胸腺素治疗干燥综合征。九十年代，在国内率先开展红斑狼疮造血干细胞移植治疗。2007年3月在国际率先开展异体骨髓间充质干细胞移植治疗红斑狼疮。目前狼疮干细胞的临床和基础研究处于国内领先水平。异基因间充质干细胞移植治疗红斑狼疮、干燥综合征、硬皮病、类风湿关节炎等完成165例，居国际领先。
近年来，风湿免疫科快速发展，先后建立了干细胞研究室、血浆置换室、免疫实验室、免疫检查室、层流病房，购置了血细胞分离仪、CD34细胞分选仪、程控降温仪、荧光倒置显微镜、高速冷冻离心机、超低温冰箱、PCR仪、酶标仪等一大批先进的仪器设备，是目前国内唯一拥有层流病房和全套设备，并能独立开展干细胞移植技术的科室。承担国家省部级课题22项，获卫生部科技进步一等奖1项，省市科技进步奖16项，主编专著2部，参编专著13部，发表论文近280篇。先后和美国、英国、日本、意大利同行建立了合作关系，可定期选派青年医师出国学习深造。
特色技术：
异体骨髓间充质干细胞移植治疗红斑狼疮及其他免疫病。
血浆置换治疗重症风湿免疫病。
新型免疫抑制剂联合治疗风湿免疫病，超大剂量化学治疗难治性重症风湿病。
免疫实验室和检查室开展多种自身抗体如抗核抗体、抗中性粒细胞胞浆抗体、抗线粒体抗体、抗微粒体抗体、类风湿因子定量、补体检测、角膜荧光染色、腮腺造影、唇粘膜活检等协助诊断自身免疫病。
主要的诊治疾病：红斑狼疮、类风湿关节炎、干燥综合征、强直性脊柱炎、骨关节炎、白塞病、肌炎/皮肌炎、硬皮病、血管炎、免疫性肝病等各种风湿免疫病。
