内分泌科成立于1978年，现为江苏省临床重点专科、南京市医学重点专科，南京大学医学院、南京医科大学和南京中医药大学内分泌及代谢病学专业硕士和博士学位授予点。国家药品和食品监督管理局药品临床试验基地。现拥有床位46张，年收治病人近1200人次，门诊近5万人次。有主任医师4人，副主任医师3人。
本学科坚持医、教、研并重且相互结合，在总体实力上成为国内最主要的糖尿病及内分泌代谢病诊治中心之一，在国内率先开展自体干细胞移植治疗自身免疫性糖尿病的临床研究，并取得了良好效果。在甲状腺疾病，垂体—肾上腺疾病尤其是原发性醛固酮增多症、库欣综合征及嗜铬细胞瘤等疾病的诊治方面取得丰硕成果，形成了自身优势和特点。近年来，成功举办第三届全国分子糖尿病会议、3届南京大学鼓楼医院国际糖尿病论坛和在省内多次进行《中国糖尿病防治指南》的培训。目前有多项国家、省自然基金和市重点项目在研，近几年来共获得省市科技成果奖11项，在国内外核心期刊及SCI发表论文100多篇，参编专著9部。
特色医疗：
1、糖尿病：在糖尿病的诊断、分型及对糖尿病慢性并发症治疗上与国际先进水平接轨，运用胰岛素泵对初发2型糖尿病的强化治疗保护B细胞功能处于国际领先。
2、干细胞移植治疗1型糖尿病
3、肾上腺疾病：对嗜铬细胞瘤、肾上腺髓质增生症、原醛、肾上腺意外瘤及柯兴氏综合征、及各种内分泌性高血压的临床诊断水平在国内领先
4、甲状腺、甲状旁腺疾病、脑垂体及性腺发育不良等疾病的诊治
5、糖尿病病人健康教育：率先在省内成立糖尿病病人教育中心。
