南方医院心血管内科创建于50年代，是国家教委批准的博士后流动站和博士学位（1994年）、硕士学位（1986年）授权点， 1997年心血管内科研究室被审定为我校重点实验室。2000年被批准为全军心血管内科中心。2004年医院随第一军医大学整体移交广东省，更名为南方医科大学第一临床医学院（南方医院），2007年被广东省批准为重点学科—内科学（心血管）。
南方医院胸心血管外科历史悠久，技术实力雄厚，经几代人数十年来不懈的努力,已发展成人才梯队结构合理、医教研总体实力居国内先进水平的临床科室。现有床位68张，分为心脏与普胸6个专业组。年手术量超过1000例，门诊量超过6000人次，在国内、港、澳及东南亚享有盛誉。技术力量雄厚，拥有正副教授10人，主治医师3人，住院医师4人，医师均达到硕士以上学历。学科拥有博士、硕士学位授予权，每年招收博士、硕士研究生4-6名。2006年成为国家首批住院医师临床培训基地及专科医师临床培训基地，每年培训住院医师及专科医师30~50名。与德国柏林心脏中心、北京阜外心血管病医院、北京安贞医院、上海儿童心脏中心等国内外著名心血管病医疗机构有广泛学术交流。
该科以第一完成单位身份获得了国家生物制品I类新药（含氟碳气体微泡造影剂）证书、国家生物制品II类新药（含空气微泡造影剂）证书和优秀国家发明专利奖各1项。广东省科技进步奖一等奖2项、广东省科技进步奖二等奖2项，军队科技进步奖二等奖4项，军队医疗成果奖二等奖2项。以第一作者共获各项基金36项，其中国家高技术研究发展计划（863计划）和国家973重点项目子项目各1项，国家自然科学基金面上项目11项，科研基金总额为907万。近4年，以第一作者在国内统计源期刊共发表论文全文268篇，其中SCI收录论文18篇。整个学科获得的奖项、基金和论文挡次和数量在珠江三角洲地区处于领先行列。
该科设备先进，检查项目齐全，可以满足心脏内科介入和无创检查的需要。现有先进的双C臂数字减影X光仪、PET－CT、MRI、双源螺旋CT、彩色多谱勒超声心动图仪、运动负荷系统、动态心电及血压分析系统、主动脉内球囊反搏仪、经皮心肺支持系统、冠脉血管内超声仪、动脉硬化检测仪、Carto三维电生理标测系统、64道生理记录仪、射频消融仪、起搏分析仪等高挡设备，今年将继续购进等心血管诊治方面的先进仪器。
在心血管病方面，以心脏瓣膜疾病、冠心病、大血管病、心肌病、心脏肿瘤的治疗为主，在婴幼儿先天性心脏病的诊断治疗有特色。在普胸方面，以食管疾病、肺部疾病、纵隔疾病的治疗为主，近年来开展了胸腔辅助下的肺大泡、肺肿瘤、食管癌、食管平滑肌瘤的治疗，在国内较早开展全胸腔镜下漏斗胸矫治术（Nuss手术）。
近年来，获国家自然基金、广东省自然基金、广东省重点科技攻关项目、广东省科技计划项目、广东省卫生厅基金多项，先后获全军医疗成果三等奖三次。
