1937年组建四川省立南充民众教育馆卫生所设药房；1949年改为四川省立南充医院药房；1952年成立药局；1959年组建中药房，之后合并为药剂科。现分西药剂科、中药剂科；西药剂科下设有门诊药房、住院药房、嘉陵分院药房、西药库、制剂室、药检室、制剂库、临床药学研究室、微机室；中药剂科下设有中成药房、中药饮片药房、中成药库房、制剂室。
技术人才：药剂科共有技术人员68人，其中主任药师（教授）1人，副主任药师（副教授）2人，副主任中药师（副教授）1人，主管药师15人，主管中药师7人，药剂师17人，中药剂师2人，药剂士15人，高级技工3人，技工5人。研究生2人，大学本科学历22人，专科学历32人，执业药师14人，执业中药师4人。
技术水平：拥有法国进口多效液相色谱仪、紫外可见分光光度计等200多万元的精密仪器，用于药品的检验和科研，具有药代动力学、生物等效性、新制剂开发等多种科研能力。投资300万元改造的制剂室通过了国家标准验收，能配制“滴眼剂、大容量注射剂、胶囊剂”等18种剂型，64个中西药医院制剂。中西药房从未发现假药，2002年被南充市药监局授予首批“质量放心药房”。2006年成为卫生部临床药师培训试点基地。
学术水平：完成卫生部科研项目1项，省市重点科研项目3项，获国家新药证书1项，国家发明专利1项。有1项获四川省科技进步三等奖，有1项获四川省卫生厅科技进步二等奖，有1项获南充市科技进步三等奖。公开发表科研学术论文50多篇。
西药剂科
具有完善的药品储存、养护条件，建立了完整的药品质量保证体系，充分保证药品的质量。药房服务流程合理，其中门诊药房实行发药复核制，并设有药品专家咨询窗口，本着“合理用药，用心服务”的宗旨，让病人享受一流的药学服务。被南充市药监局授予首批“质量放心药房”
制剂室
制剂室建于1951年，经过50多年的发展和不断完善，现已成为集科研、制剂生产和教学为一体的综合性制剂室。该制剂室面积达1400多平方米，下设普通制剂室、灭菌制剂室、中药制剂室、质检室、临床药理实验室、临床药剂实验室、情报资料室，现有技术人员11人，其中硕士研究生1人，本科学历8人，专科学历1人，高级技工1人。目前，制剂室能生产“合剂、溶液剂（含外用）、涂剂、醑剂、洗剂、酊剂、糊剂、散剂、滴眼剂、滴耳剂、滴鼻剂、搽剂、栓剂、乳膏剂、胶囊剂、糖浆剂、透析液（人工肾）、大容量注射剂”等18种剂型，共64个中西药制剂。
2002年，医院投入400多万元按照GMP的要求，重新添置了大输液自动生产线、封闭式不锈钢配液罐、快冷蒸汽高压灭菌柜、二线反渗透制水系统、多效蒸馏水器、胶囊机、中药提取罐等现代化制药设备。同时，对制剂室按GMP标准进行了净化装修，净化面积达900多平方米，是川东北地区唯一按GMP要求全净化装修和唯一生产大输液的制剂室。
制剂室生产的现有制剂，品种全、疗效好、价格合理，深受本地和周边地区广大患者的喜爱，已向南充、广安、巴中等地市的多家医疗机构调剂使用。
临床药学室
临床药学科室筹建于上世纪90年代，开展了氨茶碱、地高辛等血药浓度监测，是省内较早开展临床药学的医院之一；随着药事管理工作的药师的临床化进程加快，于2003年开展了药师下临床的工作。专职临床药师深入临床，和医生一起管理病人，对用药的合理性提出科学的建议，参与治疗方案的选择；积极参与全院的会诊、疑难病历讨论。通过不断努力，临床药学工作初具规模并卓有成效，于2006年，成为全国卫生部50家临床药师培训试点基地之一，是获得该资格的全国唯一一所地市级医院。院党委书记、院长李光明为基地负责人，西药剂科主任曾友志为临床药师培训试点基地项目执行人。
目前拥有临床药师5名，其中专职3名，兼职2名，分别从事消化、肿瘤、抗菌药物、骨科专业的合理用药。
中药剂科
科室全部实行开放式配方发药，服务周到，保证质量，被市药监局率先授予“质量放心药房”。中药剂科全科在岗职工20人，近年来发表论文15篇。
2006年对中药剂科按GMP要求进行了改造和扩建，通过药监部门的验收，能够制作合剂、胶囊剂、酊剂、散剂、丸剂、汤剂、酒剂等剂型，通过省药监局注射的“姜红活血止痛酊”、“复方百部酊”等10种验方制剂已投入临床使用，价格低廉，深受患者好评。
中药剂科电话： 2258694 西药剂科电话：2243048 2258854
临床药学室电话：2258096 制剂室：8184015
