妇女保健科是为女性各年龄阶段提供以保障生殖健康为重点的医疗和保健咨询的特色科室。如：青春期、婚育期、产褥期、哺乳期、更年期、老年期各阶段的保健服务以及婚前医学检查、婚前卫生咨询、婚前卫生指导、优生优育咨询指导、生殖健康咨询指导等。各项工作都有富有经验的妇产科专家、医师提供服务。妇女保健科设立二级科室5个，包括围产期保健专业、妇女营养专业、更年期保健专业、妇女病防治专业和妇女心理专业。负责全市妇女工作的业务指导以及市区妇女保健工作，为各期妇女提供健康检查、健康档案管理、常见病防治、心理咨询、营养咨询、营养评价和指导的系列保健服务。
妇女保健科特色门诊项目
围产期保健专业：开设优生遗传咨询、孕前保健和产后康复等服务，优生遗传咨询和孕前保健为准孕妇女提供孕前健康检查、孕前保健指导、优生遗传咨询、外周血染色体检查等服务；孕期保健开展了早孕检查、产前检查、高危妊娠检测与管理、胎儿先天性畸形的无创性产前筛查、脐血细胞染色体核型分析、TORCH检查、微量元素检测、妊娠期糖尿病筛查、胎儿多普勒血流检测、三维超声生长发育监测等，能及早发现母胎异常情况，早期干预；并通过孕妇学校为孕妇提供孕产期保健指导、母乳喂养指导、新生儿保健指导。
产后康复中心：连云港市妇幼保健院产后康复中心成立于2007年8月，是连云港地区唯一一家对妇女产后身体主要器官子宫 、盆底 、乳房、阴道 、卵巢 、形体等进行全面健康恢复的诊疗中心 。
为产妇进行健康检查、产褥期保健指导及常见病治疗；通过采用振动治疗、电刺激、生物反馈、盆底肌肉训练等综合治疗，促进全身和盆底肌肉的康复，恢复阴道的紧缩度，提高产后夫妻性生活质量，预防和治疗尿失禁、子宫、膀胱、直肠脱垂、阴道松弛等；产后康复按摩、光波治疗产后缺乳、乳汁淤积、失眠、抑郁、腰背酸痛、便秘、尿潴留、腹壁松弛、妊娠纹等服务。纠正了让产妇靠自然复旧而不需要主动治疗的观念，从而提高了广大产妇的生活质量。
孕期营养门诊：通过计算体重指数，设定孕期体重增长范围，测定膳食营养成分，指导孕期均衡营养，控制孕妇和胎儿体重的过度增加，减少孕产期并发症的发生，降低难产率和剖宫产率。
妇女病防治门诊：主要负责开展妇女病的预防和治疗以及随访工作，妇女病普查普治，尤其是对危害广大妇女身心健康的乳腺癌、宫颈癌、癌前病变、子宫卵巢肿瘤等妇科重大疾病的早期发现、早期治疗有一整套的防保治疗措施。检查过程无创伤、无痛苦、准确、高效、价廉。此外，可为社区、厂矿、学校、团体等单位，针对不同人群开展有针对性的妇女保健知识讲座；发放健康教育处方；重大疾病随访和后续治疗保障服务等等。为稳定患者家庭的和睦健康提供了保障，历年的工作收到了较好的社会效益。
更年期保健门诊：更年期是每一个妇女都必须经历的生理过渡时期，不少妇女在这个阶段可能会有明显的不适症状或心理障碍，如好激动、烦躁不安、焦虑或抑郁、悲观、失眠多梦、甚至出现情绪低落、性格、行为改变等更年期综合征，严重影响了正常的工作、学习以及家庭和睦，甚至会遗留远期的健康问题。如通过适宜的保健服务，即可避免更年期综合征的困扰，并可以及时发现妇科疾病，平稳的度过这个阶段保持良好的健康状态，为老年健康打下基础。提高生命和生活质量，更好的撑起社会和家庭的半边天。
妇女心理专业：利用心理营养软件对妇女心理进行测试和评估，疏导妇女心理问题。
