儿科是连云港市地区首先从内科系统独立出来，已60余年，在历届院党政领导关心支持、及各届科室行政主任、护士长和全体医护人员的不懈努力下，我院儿科目前已经发展壮大，形成完善二级分科，包括神经、呼吸、新生儿、内分泌、肾内、感染、血液肿瘤、危重症、儿童保健等专科，已经开设儿童癫痫专科门诊。对癫痫、儿童抽动症、多动症、哮喘、各种新生儿疾病、肾炎、遗尿症、重症心律失常、重症出血性疾病、各型休克、反复呼吸道感染、川崎病等的诊断和治疗治独具特色，在本地区处于领先地位。对各类严重中毒、重症手足口病、意外伤害、昏迷、心跳呼吸停止等危急重症等的抢救积累了较丰富的经验。
儿科分设门诊、急诊及病房三部分。设有具有我院儿科特色门诊：儿童保健专科门诊、儿童营养、生长发育咨询门诊，儿童癫痫专科门诊。儿科病房共有50张床位，设置了抢救室、新生儿病房，承担了全区各种危重症的抢救及疑难疾病的转诊及收治工作。儿科门诊则由丰富临床经验的专家全天坐诊，为患儿提供最优质的医疗技术服务；小儿急诊科为独立的小儿急救专科，派驻了科室的优秀骨干力量，为患儿提供24小时诊疗救治服务。
儿科现有医师21名，其中主任医师5名，副主任医师4名，主治医师9名，住院医师3名，其中硕士2名，护理人员27名，其中专科护士3名。科内各级医务人员集医、教、研于一身，精益求精，不断进取，承担蚌埠医学院、天津医科大学、南京医科大学，徐州医学院、河北医科大学、江苏大学医学院等医学院的教学任务。已在中华级医学期刊、省级核心期刊上发表论文40余篇，完成省级科研课题1项，市级科研课题5项。
