是北京大学深圳医院的重点学科，北京大学硕士研究生培养点，具有一流的技术力量和治疗内镜室、消化病诊疗室和胃肠动力研究室。有国际最先进的电子胃镜和肠镜、超声内镜十二指肠镜、2003年丹麦最新推出的通道胃电仪、胃肠压力检测仪、24小时PH动态监测仪和生物反馈治疗仪、13C红外线能谱仪检查HP、肝脏线粒体、胰腺外分泌功能和小肠乳糖酶活、肝胆病治疗仪和氦氖激光治疗仪等系列国际先进的设备。
全科现有医生13人硕士以上学历6人，教授主任医师2人，副主任医师5人，主治医生2人，均为来自国内部属院校的重点学科的中青年技术骨干和回国留学人员，是个有一定规模效应的学科。
在胃肠道食道疾病的诊治、肝硬化并发症救治、肝胆胰疾病内镜及介入治疗和脂肪肝性肝病治疗等方面有显著特色。达到了国际和国内先进水平的新技术十余项，对上消化道大出血、肝硬化、食道静脉曲张破裂、原发性肝癌、食道狭窄、贲门失驰缓症、胃肠道恶性肿瘤、上消化道异物及息肉等疾病，有丰富的诊断和疗经验。
开展新技术新疗法如下：1、内镜下小肠置管内营养治疗重症胰腺炎2、内镜下胃肠黏膜染色或剥离活检诊断早期癌及癌前病变3、 六联发套扎器多点密集套扎治疗肝硬化食管曲张静脉出血 4、内镜下药物和电凝治疗止血5、十二指肠乳头切开胆管取石术6、气囊扩张或支架治疗食道良性和恶性狭窄7、内镜下高频电凝胃肠息肉切除术8、内镜下食道和胃异物取出术9、食道内连续酸度及胃肠动力测定10、中药离子透入治疗肝纤维化及早期肝硬化11、药物和仪器综合治疗脂肪肝12、 药物加电脉冲技术治疗胆炎胆囊泥沙样结石及胆道蛔虫症13、中西药物灌肠及物理治疗溃疡性结肠炎14、生物反馈技术治疗顽固性便秘等15、 胃电图检测胃动力性疾病16、中西药物灌肠及物理治疗溃疡性结肠炎17、 红外线能谱仪检查幽门螺杆菌肝脏功能胰腺外分泌功能和小肠乳糖18、 幽门螺杆菌毒力分型。
