济宁市传染病医院结核病科，是济宁市结核病防治所整体搬迁后，通过资源整合后建立的新兴学科，是全市结核病临床诊疗定点单位。科室设有规范完善的结核病门诊及病房，开放床位90张。现有结核病专业医师16人，其中高级职称3人，中级职称5人，医护人员均在北京胸科医院、上海公共卫生临床中心、山东省胸科医院等上级结核病医院进修学习，临床功底扎实。能够开展各型结核病，包括肺结核和肺外结核，普通结核和耐药结核、初治结核和复治结核的临床诊断和治疗。
医院开展了结核病相关的病原学、生化学、免疫学及影像学等领域的各种检验、检查方法与技术，为结核病的诊断提供技术保障。2011年12月，新建P2实验室投入使用，显著提升了病原学的检测水平。结核菌耐药基因快速检测（4-6小时），对于耐药结核菌的筛查具有至关重要的意义，在此基础上设立全市多耐药结核病人的评估与鉴定，并设立了多耐药结核病人集中收治病房，使其得到规范、合理的治疗与隔离。
医院是全国结核病医院联盟成员单位，与山东省胸科医院、北京胸科医院等结核病专科医院建立了技术协作联系，并与上述医院建立了远程会诊联系，为医院结核病科提供技术更新的保障。与各县市结核病防治所等各级结防结构保持密切联系，建立起了双向转诊的良性机制。
