该院肛肠科是国家中医药管理局重点专科、江西省肛肠医学领先专业、江西省重点专科、江西省中医药学会肛肠专业委员会挂靠单位。该科成立于1959年，为江西省历史最悠久、规模最大的中医肛肠专科，经过近半个世纪的发展，现已成为集医疗、教学、科研于一体，功能齐全，治疗手段完备的专业科室，独具中医特色。目前设有病床161张，每年收治住院病人4000余人次，现设三个病区，病房按现代化三级甲等专科医院建设标准设置为单人高档病房、双人高档病房、三人中档病房和五人普通病房，满足不同层次患者的就医需求。
该科拥有一支较高水平的专业学术队伍，有主任中医师、副主任中医师9人，主治、住院中医师14人，其中医学博士3人、医学硕士11人。
近年来，该科室突出中医特色，收集疗效确切的中药方剂并加以总结、完善，先后研制并开发出一系列专科用药，如“肛门洗剂”、“红油膏”、“金黄膏”、“九华膏”等，同时将热敏灸、针灸、耳穴等应用于肛肠疾病的治疗，疗效显著。科室拥有专科手术室，除局部麻醉、腰俞麻，还开展了以腰麻为主的全程“无痛”手术。该科室注重在继承中创新，突出中医药特色，充分发扬中医、中西医结合诊治肛肠疾病的优势，在应用传统手术疗法治疗肛门疾病的同时，目前该科室开展了如TST、PPH、胶圈套扎等微创手术。
