病人应于治疗之前留取标本。留作隐血试验的标本于前三日禁食肉类及动物性食物，并禁服铁剂、铋剂及维生素C等药物。标本应新鲜，不可混入尿液、消毒剂及污水等，以免有形成分破坏，病原菌死亡和污染腐生性原虫。灌肠及服油类泻剂后的粪便常因过稀及混有油滴等影响检验结果，不适于作检查标本。粪便标本的量一般取5g即足够，应挑取有脓血或粘液的部分；若是水样便应取絮状物约2ml。作阿米巴或其他原虫滋养体检查的标本必须新鲜，立即送检，冬天时还需采取保温措施。