神经内科的前身为神经内科专业组，1963年金石率先从事神经内科专业，后成立神经内科专业组隶属于大内科。1990年6月，神经内科从大内科中分出，正式单独建科。金石副院长兼任神经内科主任，许国正任副主任。1999年牛国忠任神经内科主任，顾小林任副主任。
神经内科下设神经电生理室、脑电图室、肌电图室，承担门、急诊和病房全部工作。现有床位46张，年门诊量达3万人次，出院病人800余人次。拥有四通道经颅多普勒仪、肌电——诱发电位仪、无创脑功能检查仪、动态脑电图仪、激光——生物电反馈治疗仪等先进设备。
2001年神经内科被批准为杭州市卫生局重点专科，在抓硬件建设的同时大力抓好软件建设。现该科有主任医师4名，副主任医师4名，硕士研究生5名。近十年来完成的课题有：《急性脑血管病时血清和脑脊液氨基酸改变及临床意义的研究》1988年获浙江省科技进步四等奖、杭州市科技进步二等奖；《尼莫地平和硫氮卓酮对大鼠局灶性脑梗塞再灌流期自由基损伤的保护作用研究》1992年获杭州市科技进步三等奖；《亚低温治疗对大鼠实验性脑出血的保护作用研究》1998年获浙江省医学科技进步优秀奖、杭州市医药卫生科技进步二等奖；《中脑神经前体细胞的体外分离、培养和特性及Narrl基因的克隆》。
目前已立项正在进行的课题有：《帕金森氏病神经干细胞移植的研究》，《脑缺血后DNA损伤和修复的研究》，《血清阴性重症肌无力发病机制的研究》，《高同型半胱氨酸血症与脑梗死相关性的研究》等，并正积极筹建神经病学实验室，已购置倒置显微镜、超净工作台、C02培养箱及其他设备。
