杭州市医院眼科建立至今已有五十余年的历史，作为一个富有特色性的临床科室，杭州市第三医院眼科目前在杭州市乃至浙江省的医疗领域中享有良好的声誉。目前眼科在编人员有主任医师 2 人、副主任医师 1 人、主治医师 2 人、医师 2 人，护士 1 人。已经开展的手术有白内障、青光眼、视网膜脱离、角膜移植、泪道、眼肌等各类型手术。目前科内主要的设备有：眼电生理检查仪（重庆产）、静态视野仪（重庆产）、眼科 A 超（瑞士产）、角膜地形图（瑞士产）、眼底照相机（日本产）、非接触性眼压机（日本产）、多功能电脑验光仪（日本产）、同视机（国产）、角膜曲率仪（瑞士产）、间接眼底镜（苏州产），裂隙灯等一系列先进的检查和治疗设备。
