中医肿瘤科：成立于1993年，2007年被确定为嘉兴市中医重点（扶持）建设专科。目前科室有专职医生9人，其中副主任医师1人，中级职称6人，其中肿瘤专业硕士研究生2人，本科毕业生3人，设备固定资产300余万元。科室充分利用现代科学各种先进技术和方法，发挥西医对疾病定性定位诊断上的长处，同时又按照中医学的理论和方法对疾病进行全面分析，结合对“证”现代研究成果的一些微观指标，作出相应的新的辨证诊断，从而在临床实践中更有效地分析问题和解决问题，以提高癌症临床诊疗水平。几年来，该学科共承担各级科研项目12项，发表论文10余篇。其中学科带头人段绿化副主任中医师，嘉兴市名中医，海宁市名中医，二十余年的中医肿瘤临床研究和实践，段医师在“肿瘤的协同治疗”、癌症的康复调理和减轻“放化疗”反应以及晚期病人的“癌性发热”等方面，有其独到的见解，并以其较好的治疗效果赢得了广大患者的肯定，吸引了本地以及周边县市的患者前来就医。她主持和参预肿瘤相关研究课题和“金桥工程”项目10多项，其中省级课题1项。获海宁市政府颁发的“海宁市科技进步奖”三等奖5项，获海宁市政府颁发的“海宁市金桥工程奖” 三等奖3项、“海宁市金桥工程奖” 鼓励奖1项。
中西医结合儿科： 中医儿科是海宁市中医重点专科，自成立以来，在本县市及周边县市一直享有很高的声誉，病人来源除本县市外，还吸引周边县市的患者前来就诊：如桐乡、海盐、加兴等。年门诊量达6万余人次，年收治病人达2千余人次，并开设哮喘专科门诊、疳积病专科门诊。哮喘门诊开展了过敏源的测定（包括皮肤点刺法和采血法），治疗主要采用中医内服（设有本科的经验方）与现代先进的吸入疗法（遵照全球2006 GINA方案）相结合，取得了满意的疗效；疳积病的治疗主要采用传统的鱼际割法，也取得了良好的效果。对于过敏性咳嗽、间质性肺炎、遗尿、黄疸等都形成了自己的经验方。病区设有床位32张，配有小儿心电监护仪，经皮血氧监测仪，已广泛开展了气雾剂的吸入、氧气雾化吸入、高频射流雾化吸入以及中药的外敷、中药的静脉用药等。科室在开展临床诊治工作的同时，开展临床科研活动。本科负责完成的省级课题《鱼际割治法对疳症患儿发锌含量的影响》获海宁市科技进步二等奖，加兴市科技进步优秀奖，属市内先进水平。《海宁市0—14岁儿童流行病学调查》参加全国流调，获海宁市科技进步三等奖，属嘉兴地区首次。《痰热清注射液配合布地奈德雾化吸入治疗婴幼儿毛细支气管炎临床疗效观察》科题已通过鉴定。
肿瘤外科：肿瘤外科是海宁市重点建设学科，能熟练开展肝癌、大肠癌、乳腺瘤、宫颈癌、食管癌等根治手术。尤其在甲状腺癌、乳房癌、肝癌、胃癌、大肠癌的诊治上，吸收上海、杭州等多家肿瘤医院特点，创立了一整套以手术为主的综合性规范化治疗方案，注重手术的规范化和彻底性，肿瘤治愈率等达市内先进水平。近年来成功开展胸部大手术，对众多患肺、食管、门、纵隔、横隔及胸壁疾病的患者，实施肺癌根治术、食管癌“三切口”手术等治疗均取得良好的临床疗效。肿瘤外科技术力量较强，拥有海宁市“十佳”名医李朱福医师，其他医生已l00％到上海肿瘤医院、上海胸科医院、浙江省肿瘤医院、浙一、浙二等上级知名医院进修，相关的麻醉、护理人员也相继进行了配套进修。
中医结合消化科
中医结合消化科是医院的重点学科，科室技术力量较强，拥有浙江省名中医朱炼之老先生，嘉兴市卫生系统首批“青年优秀人才”曹建春副主任中医师，并拥有硕士研究生二名。
科室运用传统中医辨证施治与西医治疗相结合，诊治肠胃病、肝胆病、慢性腹泻等消化系统疾病，特别是对一些西医治疗效果欠佳的疾病，如萎缩性胃炎、慢性结肠炎等疾病治疗有独到之处。
中西医结合肛肠科：
中西医结合肛肠科是医院的重点学科，成立于1998年，前身为中医院“痔瘘科”，目前科室有专职医生5人，其中副主任医师1人，中级职称2人，设备固定资产30余万元。2000年中医院肛肠外科被评为嘉兴市中医肛肠疾病临床建设基地，学科带头人何锋同志也于同年被聘为浙江省中医药学会肛肠分会第五届委员；2001年被评为首批嘉兴市卫生系统青年优秀人才。现为中医院业务院长。
科室在开展临床诊治工作的同时，积极引入新技术、新方法，并开展临床科研活动。何锋医生所书写的论文“针麻在大肠镜检查中的应用”获省中医药学会“青春宝”杯中青年优秀论文大奖赛的二等奖；“中西药结合保留灌肠治疗慢性结肠炎”获1999—2000年度海宁市自然科学优秀论文鼓励奖；“内窥镜下消化道息肉高频电切除术的研究获2003年度海宁市金桥工程三等奖。
肝胆外科：
肝胆外科是医院的重点学科，拥有专职医生7名，其中副高二名，主治医师四名，医师一名，全部经省级以及省级以上肝胆或普外或肿瘤科进修，临床工作经验较丰富。拥有CT、腹腔镜系列设备、造影用C臂X光机、胆道镜、快速冰冻机切片等支持开展肝胆外科的理化及造影及定性诊断设备并将争取购置ERCP设备。本科已完成市级科研课题6项，在研3项，其中参与省级医院协作一项（省科技厅项目）。去年一科研成果评为省卫生厅科技创新三等奖。
创是医患的共同追求，作为外科发展方向，科室主攻微创，我院腹腔镜应用于肝胆外科已有时日，年手术400余例，在本地影响较大。
