我院针灸科为南通市重点中医专科，该科以大学本科生和硕士研究生为主体。享受国务院特殊津贴者、全国老中医药专家、原南通针灸学会会长夏治平主任中医师为学科带头人。该科开设了男科疾病专病门诊。采用针灸、小针刀、水针和中药及穴位贴敷技术，在治疗男子不育、性功能障碍、前列腺、颈椎病、肩周炎、网球肘、跟骨骨刺、腰椎间盘突出症、瘫痪、强直性脊柱炎、气管炎等疑难病症方面有显著疗效。数年来，该科承担了多个省市级科研项目，先后编写出版了10余部专著，其中《实用针灸推拿治疗学》畅销港台地区。
