胸心外科建科已近30年，历经几代人的奋斗，已经颇具规模。现有高级职称3人，中级职称3人，住院医师3人，培养在职研究生2人。临床方面：在治疗食管肿瘤、支气管肺部疾病、纵膈肿瘤等方面已积累了丰富的经验，尤其擅长胸部多发伤的危急病症抢救。近年来开展的体外循环下心内直视手术已经治愈了300多例先天性心脏病和心脏瓣膜疾病的患者，已经开展的心脏搭桥手术更为广大冠心病患者带来了福音。目前合肥市第二人民医院是安徽省卫生厅确定的先天性心脏病外科手术定点救治单位。
胸心外科目前设有床位24张，重症监护病房配有Drager呼吸机2台、BENNETT740呼吸机1台、PHLLIPS M 4735A双向波心外心内除颤监护系统、丹麦雷度ABL77血气分析仪1台、WZ系列微量泵工作站。监护病房共有经过严格系统训练的护士。
胸心外科主要收治的疾病范围：
一.心脏外科疾病：
1.各种先天性心脏病
2.心脏瓣膜疾病
3.心脏肿瘤疾病
4.大血管动脉瘤
二.普胸外科
1.气管及肺部良恶性肿瘤
2.纵膈肿瘤
3.胸部外伤、胸壁及胸膜疾病
4.支气管扩张、肺气肿减容、肺大泡、肺脓疡、肺囊肿、脓胸、肺结核等的外科治疗。
