哈尔滨市传染病医院传染科分为8个病房。
哈尔滨市传染病医院传染科一病房主要收治各种传染科疾病，包括常见呼吸道传染病如麻疹、猩红热、水痘、腮腺炎、流脑等；消化道传染病如各种肝病、细菌性疾病、阿米巴痢疾、伤寒、副伤寒、霍乱等及流行性出血热、艾滋病等。尤其在治疗痢疾、流行性出血热方面方法独特、技术领先、效果显著，在对艾滋病人的治疗上给予了心理及药物治疗。２００５年获得“省级青年文明号”称号、２００６年荣获“哈尔滨市第３１届劳动模范先进集体”称号。
哈尔滨市传染病医院传染科二病房全体医护人员经过多年努力运用病毒性肝炎标准化治疗方案，借助医院精备的病毒性肝炎相关实验室检查，对乙、丙肝病毒治疗积累了丰富的临床经验，针对各型肝炎采取中西医结合治疗，熟练运用中医的理法方药辨证施治收到良好疗效。同时积极开展人工肝支持治疗、腹水浓缩回输、自体干细胞移植等疗法，大大提高救治成功率、二病房全体医护人员发挥团队精神，工作认真负责，技术精益求精，是一支经验丰富的医疗队伍。
哈尔滨市传染病医院传染科三病房自建科以来拥有大量的患者群，积累了丰富的临床经验，擅长于各型肝炎尤其是重症肝炎，及药物性肝炎的治疗。医生组力量雄厚，掌握了大量肝病诊疗的前沿信息，充分利用中医药毒副作用小，疗效可靠，经济实惠的优势，中西医相结合，为广大肝病患者辨证施治，解除痛苦，护理队伍年轻有朝气，注重“以人为本”的整体护理，以优质服务赢得了广大患者的认可。２００７年获得“市级青年文明号”称号。
哈尔滨市传染病医院传染科四病房通过中医的辨证施治理论，制定方药，结合西药达到保肝、抗病毒、康肝纤维化、调节机体免疫功能、退黄、清除体内内毒素等结合治疗目的。针对不同患者采取个体化治疗方案，深受患者好评，对治疗慢性肝炎、肝硬化合并胆石症的患者，采用中西医结合肝胆同治理论，在利胆排石方面取得满意疗效，病房医护人员专业结构合理的技术队伍具备了较强的医疗技术实力，显示出明显的技术优势和专业特色。
哈尔滨市传染病医院传染科五病房全体医护人员和运用国内外先进的治疗手段和技术在各型急慢性病毒性肝炎、酒精性肝炎、药物性肝炎、脂肪肝、自身免疫性肝病的治疗及肝硬化、晚期肝癌及各型重症肝炎的抢救中掌握了大量的资料，积累了丰富的经验，造福于所有患者，五病房全体医护人员愿用他们精湛的艺术精心的服务，换来每一位病人的健康。
哈尔滨市传染病医院传染科六病房以中西医结合方法在急慢性肝炎的诊断与救治方面有独到见解，对长期转氨酶居高者，在治疗上积累了较丰富的经验，尤其对重症肝炎的抢救成功率较高。科室护理人员严把护理核心制度，时刻本着“以病人为中心”的宗旨，全心全意为患者服务，善于协调护患关系，提升主动为病人服务的理念，扎扎实实做好每一项护理工作。
哈尔滨市传染病医院传染科七病房充分吸收引用国内外先进的诊疗技术及经验，采取科学规范的诊疗手段，对各型肝病包括急慢性肝病、重型肝病、肝硬化、病毒性肝病、脂肪肝、药肝、自身免疫性肝病等方面等丰富的诊疗经验及较高的诊疗水平，２００６年获得“市级青年文明号”称号，曾获市科技进步三等奖一项，科技成果两项，全体医护人员秉承以病人为中心的服务理念，为患者提供全方位的优质服务。
哈尔滨市传染病医院传染科八病房的重症监护病房采用正负压切换系统全封闭式管理，隔离区设置床位２０张，隔壁重症监护病房４间，配备６太国内外先进的呼吸机，２台ＣＰＡＰ机，１台血电解质血气分析仪、床边拍片机、床边超声、隔壁重症病房每张病床均配多功能心电监护设备以及液体输入泵系统，可对患者惊醒心肺复苏、机械通气、全静脉营养等治疗。重症监护病房是一个年轻而富于活力的科室，承担着全院和院外转入危重症患儿的救治工作，收治病种主要包括各种传染病的危重症、重症全身性感染、重症全身性感染、重症肺炎、心肺复苏和各种休克等。在抢救处理重症麻疹和危重症手足口病等方面积累了大量的临床经验。
