广州市中医医院消化内科是广东省重点中医专病。吕永慧主任中医师主持的溃疡性结肠炎专病，被列为广东省重点中医专病、广州市“九五”杏林工程重点专病验收单位、广州市“１３５７”工程达标单位以及广州市先进中医专病医疗单位。吕永慧主任研制的纯中药肠炎清系列制剂，结合辨证治疗已知未知原因的结肠炎，尤其溃疡性结肠炎等炎症性肠炎效果显著，社会效益良好，国内领先，享有声誉。1995年立项的广东省科委九五重点攻关项目“肠炎清治疗溃疡性结肠炎的临床研究”于2000年3月通过广东省科委鉴定，达到国内先进水平，于2004年获中华中医药学会科学技术三等奖。
消化内科以“中医为主，中西医相结合”治疗急、危、重症如急性胰腺炎、急性消化道大出血、急性肝胆道感染、肝硬化顽固性腹水、急性腹膜炎、肠梗阻等，效果良好。对各种消化道慢性疾病（食道炎、消化不良、慢性胃炎、消化性溃疡、肝炎肝硬化、胆囊炎胆石症、胃肠道功能紊乱等）治疗亦有良好疗效。
该科开展胃、十二指肠镜、结肠镜下诊治、胃肠电图检查、中药经结肠途径疗法、腹水超滤浓缩机，开展内镜下介入治疗（食管静脉曲张套扎术、硬化剂注射术、胃肠道息肉切除术、胆道结石取石术等），效果良好。
消化科现有病床25张，硕士生导师、主任中医师1人，副主任中医师2人，主治医师1人、主治中医师3人，其中硕士研究生3人。
