1989年由广州市人民政府同意在广州医科大学附属第三医院（原广州市第二人民医院）设立广州市妇产科研究所，2013年6月因医院更名广州医科大学附属第三医院，而改名为广州妇产科研究所。经过二十几年的发展，妇研所已成为集临床、科研、教学于一体，拥有国内妇产科先进临床诊治水平、科研力量雄厚、教学成果显著的教学科研基地，以重症孕产妇临床救治与围产医学、生殖与遗传、妇科肿瘤为三大研究方向，形成重症孕产妇综合救治、人类辅助生殖、妇科肿瘤诊治、妇科腔镜及盆底诊治四大技术特色。拥有广东省产科产科重大疾病重点实验室、广东省普通高校生殖与遗传重点实验室、广东省生殖医学重点实验室、广州重症孕产妇救治中心、广东省产前诊断中心、广东省女性盆底功能障碍诊治中心、广东省司法鉴定中心等多个医疗和研究机构。2011年11月，由广州医科大学附属第三医院承办，妇研所陈敦金所长担任总编辑的《中华产科急救电子杂志（电子版）》经国家新闻出版总署审批同意出版，该杂志展示产科危重急症救治的基础与临床应用研究的信息和成果，宣传介绍产科急救知识，成为产科急救学术交流的重要平台。
所内设立广州重症孕产妇救治中心、产科、妇科、胎儿医学中心、生殖医学中心、法医物证司法鉴定所、实验部等科室。拥有床位280张，2016年分娩量达8355例。现有职工340名，其中正高职称20人，副高职称46人，中级职称105人；博士学位50人，硕士学位76人；博士生导师6人，硕士生导师28人，享有国务院津贴2名，千人计划1名，广州市“121人才梯队工程”后备人才1名。年平均培养硕士生25人，博士生5名。已招收博士后研究人员12名。
广州妇产科研究所一直致力于学科建设与临床专科建设。产科现为国家临床重点专科、广东省产科重大疾病防控协调创新中心、广东省卫生厅特色专科；妇产科学为广东省教育厅重点学科、广州市重点学科；临床医学（妇产科学方向）是广东省攀峰重点学科。
在临床诊疗积极开拓基础上，科研成绩收获颇丰，近三年共获各类基金项目资助超3500万元，获得国家自然科学基金项（其中国家自然基金-广东联合基金重点项目1项）21项、教育部博导类科研项目5项、“973计划”项目子项目1项，省级项目47项，区市级19项，横向课题7项；在国内外期刊发表论文302篇，其中SCI收录167篇（IF=44.002有2篇，IF>7.0的论文7篇，IF>5有23篇）；近三年获得中华医学科技奖三等奖1项，广东省科学技术奖二等奖1项，广东省科学技术奖三等奖1项，广州市科技成果二等奖1项，广州市医学会优秀论文一等奖3人次； 主编出版专著2部，参与编写8部，申请国家专利15项。
研究所学术活动积极活跃，国内外学术交流十分频繁。与美国国际助产联盟、美国哥伦比亚大学、美国斯担福大学、美国哈佛大学、法国斯特拉斯堡大学等十余个国家和地区的大学、研究机构建立了密切的合作关系，促进骨干人员外出学习，吸收国外新知识新技能。近三年来，成功引进四名海外特聘教授和2名境外客座教授作为本学科学术顾问，为学科学术水平的提高增添一笔重彩。
平均每年举办国际或国家级学习班3-5次，省级继续教育学习班4-6次，年接收来自全国各地临床进修人员70名，学科影响力得到全面提升。
