广州医科大学附属第三医院心胸外科历史悠久，是1959年由我国著名胸外科专家王怀乐教授主持下创建的，诊断治疗普胸疾病和甲状腺疾病，在华南地区享有声誉。经过几代心胸外科医生的不懈努力，已使心胸外科不断发展和完善，成为一个具有设备条件先进，技术力量雄厚，人才梯队合理；集医疗、教学、科研为一体，专业性很强的学科。在全院同仁的大力支持下，1994年成功开展了体外循环心内直视手术，使心脏外科手术上了一个台阶；2006年又成功进行了2例同种异体心脏移植和1例序贯式同种异体双侧单肺移植术。近年来，心胸外科涉足新生儿外科和新生儿心胸外科，也成功的开展了低体重未成熟新生儿的动脉导管未闭结扎术。目前心胸外科常规开展新生儿膈疝、食管裂口疝和产时手术。冠状动脉搭桥、心脏瓣膜置换术、袖状肺叶切除术以及胸腔镜下各类手术；局限性中、晚期肺癌的肿瘤放射粒子植入、射频消融和低温冷冻手术治疗；手汗症的双侧胸腔镜下交感神经链切断术及先天性心脏病房室缺经胸封堵术已成为特色。
心胸外科现有医师6名，其中主任医师1名，副主任医师2名，主治医师2名，住院医师1名，50%的医生有硕博以上学历。诊治的普胸外科疾病包括：肺良、恶性肿瘤；食管良性及食管癌疾病；贲门癌；纵隔肿瘤；胸部外伤；胸壁胸膜疾病；支气管扩张症；脓胸、肺大泡、肺囊肿、肺结核；肺气肿；终末期肺病；手汗症等。诊治的心血管外科疾病包括：先天性心脏病，房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭和其它复杂先天畸形；风湿性心脏病及瓣膜疾病；冠状动脉硬化性心脏病；终末期心脏病；胸主动脉瘤，夹层动脉瘤等。
