呼吸内科历经几十年的建设和发展，已形成国内最完整的科室部门配置，下属有呼吸内科Ⅰ、Ⅱ病区、东病区、呼吸监护病区（RICU）、肺功能室、气管镜室、胸腔镜室、睡眠实验室。呼吸内科病区有开放床位数107张， 其中RICU病床7张。该专科有医、护、技人员83名，专科医师26人，其中高级职称10人，中级职称10人，初级职称6人，博士研究生导师一人，硕士研究生导师4名，设博士后流动站1 个。各部门设备先进完善，技术力量雄厚，是华南区域重要的呼吸系统疾病诊疗中心之一。
呼吸内科拥有领先地位的亚专科，部分亚专科技术项目为填补国内空白和处于领先水平。在介入性肺病学、呼吸危重医学、支气管哮喘、感染性疾病方面、睡眠呼吸医学、慢性阻塞性肺疾病的诊治、肺功能、康复（无创通气病房建设）以及内窥镜肺减容活瓣的应用及多中心研究、肺癌的个体化的综合治疗以及大咯血的诊断和治疗等呼吸系统疾病领域具备成熟的临床、基础研究策略和经验，并形成较为突出的专科医疗特色与水平，这些亚专科包括：
1、介入呼吸病学亚专科：率先引入介入性肺病学技术新理论，并在技术方面有所建树，部分技术项目为国内首先开展或填补空白并处于领先水平，在硬质气管镜（硬镜）的临床应用，经纤维支气管镜治疗呼吸道大咯血，气道内支架治疗器质性气道狭窄，气道内激光技术、高频电消融治疗气道阻塞，气道球囊扩张等技术治疗气道狭窄和阻塞、气道内超声技术均处领先水平。近年参与制定相关法规多项，完成科研课题十一项，写出论著47篇，出版专著3本，获发明专利一项。
2、呼吸危重症亚专科：拥有设备完善的重症监护病房（RICU、7张病床），是不多的设置专科ICU的部门。早在1995年邀请德国呼吸治疗师来该院参观指导，率先引进了呼吸治疗师制度，在全国具有先进水平，针对呼吸危重症疾病（包括急慢性呼吸衰竭、ARDS、重症肺炎、脓毒症合并脓毒性休克、大咯血和急性大面积肺栓塞等）该科大量的新技术。并发表论文4篇
3、肺部感染亚专科：较早开展临床研究，特别在老年肺部感染的诊断与防治方面形成了在国内领先和有一定声誉的特色与优势。三方面的研究包括流行病学研究发病率和危险因素； 在病毒感染流行病学、临床特点、相关危险因素、治疗策略和预防等；通过药代动力学/药效动力学（PK/PD）及临床验给药方式进行探讨。承担多项抗菌药物的临床多中心研究，担任组长单位或参与研究单位，累计发表论文10余篇。 获获科技进步特等奖一项。
4、呼吸系统肿瘤亚专科：在结合内镜介入技术综合治疗胸部肿瘤和诊断方面有突出优势。解决了许多肺癌患者的诊断和治疗的难题。在治疗方面依照国际肺癌指南进行标准化的治疗、分子靶向治疗等，尤其是对于老年肺部肿瘤有着丰富的临床经验。对出现明显的气道阻塞症状，应用先进的经支气管镜激光技术、高频电刀技术、冷冻技术、气道内支架植入技术、球囊扩张技术，切除气管内肿瘤或缓解气道狭窄，明显解决病人的痛苦，应用胸腔闭式引流联合胸膜粘连术、内科胸腔镜技术对晚期肺癌胸腔积液的患者进行积极高效治疗。完成课题3项，发表论文22篇。
5、慢性阻塞性肺疾病亚专科：针对常见病的工作，无创通气病房的建立，配备专人进行物理治疗；健康教育：采用科内小课、院内大课形式对患者进行宣教，讲课知识涉及戒烟、康复、营氧、家庭氧疗、规范治疗；开展肺减容等治疗新技术等等方面。完成课题5项，论文8篇。
6、肺栓塞与肺血管病亚专科：该科早在上世纪90年代中期就开始进行肺动脉高压的研究，在国内率先开展有关“吸入一氧化氮治疗肺动脉高压的研究”，获广东省“五个一”科技兴医工程重点资助，成果已应用于临床。在核心期刊发表了多篇高质量文章。“吸入NO的临床应用及药理毒理研究”获广东省医药卫生科技进步三等奖。“运动试验的临床系列研究”获广东省科技进步三等奖。2010年开始，积极参与国家 “十一五”关于肺栓塞的诊治研究，承担国家“十一五”科技支撑计划分课题，广东省中医药局重大项目。
7、支气管哮喘亚专科：下属临床呼吸生理实验室是国内最早进行运动肺功能检测的单位之一，率先在国内建立了应用“气道内超声（EBUS）”测量气道重构的严重程度。承担了多项关于哮喘治疗的国内国际大型、多中心临床研究。完成和在研课题12项，发表论文17篇。
8、睡眠与呼吸紊乱亚专科：为华南地区仅有的几家开展睡眠呼吸障碍诊治工作较早、规模较大的睡眠呼吸紊乱亚专科，开展的诊治项目、就诊患者人数全省第一。拥有独立的工作区，完善的工作流程、工作规划，承担了中央保健局科研项目，以及与其他科室合作科研。该中心可为患者提供多导睡眠图监测、压力滴定、CPAP、Auto-CPAP、BiPAP治疗、经皮C02监测、氧疗等。 共完成科研项目3项，高水平的研究论文22篇。
9、间质性肺疾病专业亚专科：该科与病理科、放射科、胸外科建立了长期合作机制，积极开展新技术、新业务，采取TBNA、TBLB、CT引导下穿刺、纵隔镜、胸腔镜和开胸肺活检等手段，提高了疑难性间质性肺疾病诊断率，已完成部分结节病和IPF患者的信息收集工作，建立了临床生物信息标本库，为今后进行深入研究奠定了基础。
10、烟草病学亚专科：该院自2005年创建无烟医院，该科2009年起成立戒烟亚专科并开设戒烟门诊。目前主要研究方向为烟草对慢性气道炎症性疾病的影响及其可能机制，同时还关注不同戒烟干预方式对于戒烟者精神状态的影响。是我国呼吸疾病领域的一支重要力量。
