我院药剂科设置有门诊药房（包括市区门诊药房）、中心药房、中药房、药库四个部门。门诊药房自1997年9月与收费实现了电脑联网，现重新升级并实行开放式发药模式。患者凭处方到收费处交费后，其信息通过电脑联网输送到门诊药房，药师根据患者处方与电脑处方进行效对后并调配，调配好的处方再由药师在前台复核后发药。这种双核对开放式的发药模式，保证了调配的准确度，增加了透明度，也方便了患者。另外，开设了药物咨询窗口，加强药师与患者的沟通与交流，提高服务水平。中心药房负责调配住院部各临床科室的住院病人医嘱及出院患者的带药，并协助各临床科室对储备药物质控和药物咨询工作。中药房负责门诊和住院患者中药处方的调配工作。药库负责全院药物的采购、储存、领发等工作。仓库设有恒温恒湿设备，保证药物储存条件，确保药物质量。为不断探讨临床药学的发展，提高临床的用药水平，我院药剂科实行每周随院长查房制度。
