协和医院外科已有80余年历史。1928年福州基督教协和医院挂牌成立，当时外科与妇产科合一，能做一些外科小手术。1938年红砖大楼落成，外科迁入大楼三层，建有省内最先进、附有看台的手术室，开展了阑尾切除、疝修补、痔切除、大隐静脉高位结扎、小肠切除、膀胱切开取石、骨折石膏固定等技术。1945年抗战胜利后，医院从国外引进手术台、无影灯、电刀、膀胱镜、放射镭锭等先进设备，开展了胃切除、小肠切除、肾切除、骨科等大型手术，当时外科已是医院的重点学科并闻名于福州地区。时任协和医院最后一任院长的美国人蒲天寿大夫兼任外科主任。
1950年协和医院董事会聘任李温仁教授来院担任院长兼外科主任。1951年5月医院被中国政府接管，更名为福州中国协和医院，李温仁继续担任院长兼外科主任。外科迅猛发展、蒸蒸日上，开展了胃切除十二指肠吻合、胆囊切除、胸廓成形、前列腺切除、腰胸椎融合固定、交感神经节切除等新手术，并在《外科学报》（《中华外科杂志》前身）上刊登文章，在国内有了一定名声，外科的技术水平及人才培养均居全省的领先水平。1955年开始，率先在省内成立了泌尿外科病房，1956年建立胸外科病房，1959年建立小儿外科病房，1960年建立整形外科病房，使福建省外科各专科的发展紧跟全国水平。1959年殷凤峙任大外科副主任，加快了普外科的发展和建设，在省内率先成功地开展了胰头癌根治术、脾肾静脉吻合术、规则性肝切除治疗肝癌等，使福建省普外科的水平进入全国先进行列，并成为省内培养外科人才的基地。1963年受福建省卫生厅委托举办了福建省首届外科医师进修班，为县级医院培养了23名外科学术带头人。此外还向省内地区级医院输送了多名外科骨干，担任院长及外科主任等职。
与此同时，李温仁院长领导下的胸心外科专业也有了突飞猛进的发展，1959年在国内首先开展结肠代食管治疗高位食管癌成功。1960年李温仁院长参加中国医学代表团（吴英恺、黄家驷、李温仁三位专家组成）赴莫斯科，在全苏外科大会上报告并演示手术，收到高度评价。1964年外科又自主研制建造了世界上第二台高压氧舱并成功应用于临床，开展心内手术，治疗破伤风、气性坏疽及下肢动脉栓塞症，达到国际先进水平，该技术迅速在国内外推广应用。李温仁院长后来出任了国际高压氧学会主席。
1960年代初期是协和医院外科的全盛时期，达到了“创福建协和外科名牌”的奋斗目标。
1966年5月开始的文化大革命至1969年11月的三年期间外科工作处于停滞和倒退时期，很多大手术和新技术停止实施。“专家权威”靠边，接受批斗。1969年12月协和医院毁于一旦，外科也未幸免。外科被肢解后“扫地出门”、一分为三迁至闽西三县。
殷凤峙主任留守红砖大楼，1970年在省人民医院（中医院）搬迁接收之后负责组建西医外科，以填补福州两大医院外科迁走后的真空。他从一针一线买起，逐渐恢复了西医外科的业务，设立普外中西医结合病房、泌尿、小儿整形、烧伤、骨伤等病房。1971年至1972年先后成功地抢救两例心跳呼吸停止15及25分钟的电击伤工人，复苏成功后在尼克松访华时新华社进行了报道，扬名国内。1978年获全国科技大会成果奖。随着协和医院内迁外科医生的陆续回院，1978年之后外科逐渐按协和医院外科模式恢复到文革前的规模和水平，建立了普外科、泌尿外科、骨伤科、整形外科、肿瘤科、小儿外科、胸外科等病房，并恢复了福建医学院的临床教学任务，使协和医院外科得以在省人民医院延续下来，并为正式恢复协和医院外科建制创造了条件。
改革开放的1978年5月，省内成立了第一个专科学会――中华医学会福建外科学会，李温仁当选为第一届主任委员，殷凤峙任副主任委员兼秘书，学会挂靠省人民医院外科，以后延续至今三十四年协和医院连任外科学会主任委员单位及学会挂靠单位。
1984年7月福建医学院附属协和医院正式恢复建制。此时的外科已设有普外、肝胆外科、胸外、泌尿外科、肿瘤、烧伤、整形及小儿外科等八个专业，并成立了福建医学院肝胆外科研究室。此时殷凤峙调任福建医学院副院长，1986年任院长。他多年从医从教的勤奋、严谨、求实、创新的工作作风和学风被确定为福建医学院的校训。
恢复后的协和医院外科仍实行大外科建制，病床166张，外科医师35人，为外科硕士授权单位。1984年招收硕士研究生。随着业务的发展，1986年后泌尿外科、胸外科、小儿外科、整形外科、肿瘤外科及烧伤科等相继独立，普外科分别建立了普外科病区及肝胆外科病区。当时提出的口号是：“巩固普外科在省内的领先地位，向赶超国内先进水平迈进”。
肝胆外科在福建省是最早建立的专业学科，在临床治疗和理论研究方面都取得长足的发展，特别是在肝内胆管结石的临床及基础研究方面走在国内前列，获省科技成果奖五项，其研究成功已全部收录到黄志强院士主编、殷凤峙教授参编的《当代胆道外科学》中，因此该院普外科是中华医学会外科学会胆道外科学组的委员单位。殷凤峙教授还被外科学会授予对我国胆道外科做出卓越贡献奖牌。1996年省政府批准成立福建省肝胆外科研究所，殷凤峙教授任所长。肝胆外科在2005年成为独立科室，2008年搬迁至外科新大楼之后扩大为两个病区、74张病床。
普外科病区多年来也逐渐向专业病种发展形成后来的亚专科，先后建立了结直肠外科、胰腺及疝外科、血管外科、甲状腺外科、乳腺外科等。在大肠癌的根治及微创手术方面、急性胰腺炎的个体化治疗、疝的微创修复、腹主动脉手术及介入治疗、甲状腺的微创手术及乳腺癌的综合治疗及手术改进方面都取得优异的发展，走在省内的领先前列，某些领域已达到国内领先水平。因此普外科一直是省外科学会的主任委员及学会的挂靠单位。2000年后相继成为全国外科学会结直肠外科及胰腺外科委员单位。1997年普外科（含肝胆外科）还被遴选为福建省重点医学专科，同年还被遴选为福建省第一个博士授予点，从组织上确立了普外科在全省的领先地位。
2008年11月协和医院新的外科大楼落成，普外科引进先进的设备、扩建床位，肝胆外科扩充为两个病区，结直肠外科、基本外科、乳腺外科及血管甲状腺外科各为一个病区。医疗护理工作的软硬件都有了极大的改善。2011年10月普外科进行了重大的整合，与原肿瘤外科、肝胆外科及急诊外科合并，按器官分科，组成了省内最大、实力最强，在国内具有一席之地的今日普外科。
今日普外科
协和医院普外科是福建省普外科领域中实力最强、规模最大的学科，是省内外科医疗、教学、科研的中心之一，于2012年被评为“国家临床重点专科”。在国内具有一席之地。她有六个外科学会及学组全国委员（中华医学会外科分会委员及肝胆学组、胰腺学组、结直肠学组、肠内外营养肿瘤学组委员；中国抗癌协会大肠癌专业腹腔镜外科学组副组长），是中华医学会外科分会腹腔镜培训基地；八个中华系列杂志的编委单位（中华普通外科杂志、中华胃肠外科杂志、中华消化外科杂志、中华肝胆外科杂志、中华胰腺病杂志、中华腔镜外科杂志、中华实验外科杂志、中国实用外科杂志）。
普外科是省医学会外科学会的主任委员及学会挂靠单位；福建省外科学博士授予点及省医学重点学科；福建省肝胆外科研究所挂靠单位。
普外科拥有病床309张，各级外科医师87名。其中教授9名，博士生导师4名，主任医师15名，副主任医师24名，80%以上医师拥有硕博士学位。护士154名，其中大专以上学历占88.3%，研究生学历2人，本科学历32人，中高级职称占16.2%。年均收治住院患者14600人；年手术量突破7000台。
普外科设有7个亚专科：结直肠外科、胃外科、肝胆外科、基本外科、乳腺外科、血管及甲状腺外科、急诊外科。其中四个学科的带头人已进入全国学组的领导层，在国内都有一定的知名度。外科团队中的青年一代也崭露头角。在2011年举办的全国普外科青年医师视频大奖赛中有两人分别获二等奖及三等奖。在中国腹腔镜达人手术录像决赛中官国先博士获全国第一名。
结直肠外科
病区设有病床47张。现有医师12人，其中教授2人，主任医师2人，副教授、副主任医师3人，博士生导师1人，硕士生导师2人，博士及硕士学位者占91.7%。
学科带头人：池畔
职称：教授、主任医师、博士生导师
职务：普外科主任、结直肠外科主任
学术团体任职：中华医学会外科学会结直肠外科学组委员
中国抗癌协会大肠癌专业委员会腹腔镜外科学组副组长
福建省外科学会副主任委员
专长：复杂性结直肠癌及便秘的外科治疗
腹腔镜结直肠癌根治手术的创新
学科特色及技术水平：腹腔镜结直肠根治术已开展2000余例，技术和疗效均达到国内领先水平。先后在国内23家大型医院演示及推广，组织多次全国会议和学习班。该科室是中华医学会外科学会腹腔镜外科的培训基地。
胃外科
病区设病床47张，现有医师12人，其中教授及主任医师3人，副主任医师3名，副教授2人，主治医师3人，博士生导师1人，硕士生导师4人。医师中博士学位者2人，硕士学位者7人。
学科带头人： 黄昌明
职称： 教授 主任医师 博士生导师
职务： 普外科副主任 胃外科主任
学术团体任职：中国抗癌协会胃癌专业委员会常委
中华医学会肠外营养学会肿瘤营养学组委员
专长：胃癌的腹腔镜根治手术
学科特色水平 在国内最早开展腹腔镜D2根治手术者之一，手术数量及疗效均居国内领先水平，先后主办全国及全省中高级学习班交流及培训专业医师。
基本外科
病区设病床24张，现有医师6名，其中教授及主任医师2人，主治医师1人，博士生导师1人，硕士生导师1人，医师中博士学位者2人，硕士学位者4人。
学科带头人：黄鹤光
职称：教授、主任医师、博士生导师
职务：普外科副主任、基本外科主任
学术团体任职：中华医学会外科学分会全国委员
中华医学会胰腺外科学组委员
福建医学会外科学会主任委员
专长：重症急性胰腺炎的个体化治疗
胰腺及脾脏的腹腔镜手术
腹外疝的微创修补术
学科特色水平：
重症急性胰腺炎的个体化治疗，抢救成功率达98%，达省内领先、国内先进水平。
微创腹膜前修补术2000余例，达到省内领先、国内先进水平。
肝胆外科
两个病区共设病床70张，现有医师21人，其中教授及主任医师2人，副教授、副主任医师11人，主治医师3人，博士生导师1人，硕士生导师4人，医师中有博士学位者7人，硕士学位者10人。
学科带头人：陈燕凌
职称：教授 主任医师 博士
职务：副院长 普外科副主任 肝胆外科主任、肝胆研究所所长
学术团体：中华医学会外科学会胆道外科学组委员
福建省外科学会常委
专长：复杂性肝癌、胆管癌、胰腺癌的外科治疗，肝胆外科腹腔镜手术
学科特色及技术水平：
复杂疑难的肝癌切除及胆管癌根治手术的技术达到国内先进水平
肝内胆管结石的治疗和临床研究达到国内领先水平
胰腺癌的根治手术达到省内先进水平
乳腺外科
病区设病床47张，现有医师13人，其中教授及主任医师：2人；副教授及副主任医师3人，硕士生导师3人，医师中博士学位者4人，硕士学位者8人，
学术带头人：王川
职称：主任医师，副教授，硕士生导师
职务：普外科副主任，乳腺外科主任
学术团体任职：中华医学会肿瘤学会青年委员
福建省抗癌协会常务理事
乳腺专业委员会副主任委员
专长：乳腺癌的个体化综合治疗，乳腺癌的保乳手术，改良根治术，乳房重建术
学科特色及水平：乳腺癌的规范化综合治疗（手术、辅助化疗、分子靶向药物治疗，内分泌治疗）均省内领先水平。开展乳腺癌保乳手术、改良根治手术、一期乳房重建术等新技术，达到国内先进水平。全国妇女乳腺普查定点单位，乳腺癌早期诊断率达60%，达到省内先进水平。
血管及甲状腺外科
病区设病床47张，现有医师10人，其中教授1人，主任医师3人，副教授3人，副主任医师1人，主治医师2人，硕士生导师2人，医师上博士学位者2人，硕士学位6人。
学科带头人：陈幸生
职称：教授、主任医师、硕士生导师
职务：普外科副主任、血管外科主任
学术团体任职：福建医学会显微外科分会常委
专长：大血管及周围血管的手术治疗、介入治疗
深静脉血栓溶栓及碎栓治疗
专业特色及水平：采用传统手术及介入腔内治疗腹主动脉瘤，开展导管碎栓及深静脉置管溶栓治疗下肢静脉血栓均达到省内领先水平。
甲状腺外科
学术带头人：赵文新
职称：主任医师、副教授
学术团体任职：福建医学会外科学会 秘书
福建外科学会青年委员会 副主任委员
专长：甲状腺疾病的微创外科治疗
急诊外科
病区设病床27张，现有医师13人，主任医师1人，副主任医师3人，主治医师6人，医师中具有硕士学位7人，在读博士1人。
学科带头人：林炳锵
职称：主任医师
职务：普外科副主任、急诊外科主任
学术团体：福建医学会急救医学分会委员
专长：消化道大出血、穿孔，各类肠梗阻及腹部外伤的治疗
专业特色及水平：对各种急腹症及腹部创伤等方面的诊疗达到省内领先水平。
