福建医科大学附属协和医院儿内科是福建省最早的儿科学硕士生研究生培养基地之一，也福建省儿科医师规范化培养基地。自协和医院建院以来成立，迄今已成为福建省儿科临床、科研和教学中心，为该院重点学科，并通过国家药物临床试验机构专业资格认定。现开设有儿童神经、发育行为、心理、呼吸、内分泌、保健、免疫与变态反应、血液、新生儿、消化、心血管、遗传代谢等专业，多个专业综合实力评估达国内先进水平或省内领先水平。1998年儿科心理学专业成为福建省儿科唯一的领先医疗特色专业，2011年被批准成立了福建医科大学儿童神经心理发育研究中心，随后成立了福建医科大学变态反应病研究中心。鉴于对儿童癫痫的治疗积累了丰富的经验，2013年被世界健康基金会列为中国癫痫儿童关爱项目福建唯一合作点。承担国家、省、厅级多项科研课题，指导和帮助省内多家医院开展专科工作及进行疑难重症的诊治。编写和参与编写教材、书籍10余部，发表相关论文百余篇，举办国家级及省级继续教育项目和全国专业会议20余次，在推动儿童身心健康、早期教育、综合发展，提高人口素质方面作出了突出贡献。相关专家担任多个国家级及省级杂志编委，共有10余项成果获省及省厅级科技成果奖。
儿童神经心理专科是省领先医疗特色专业、福建医科大学儿童神经心理研究中心，拥有儿童多导睡眠图仪、视频脑电图仪、婴儿高压氧舱、经颅微电流刺激仪等，具有全省最全面的儿童心理测验量表，包括各种小儿常用的智力、性格、情绪、气质、行为（如多动症、孤独症等异常行为）测验及新生儿神经行为测评。率先开展儿童心理咨询、心理行为治疗、家庭系统干预辅导、学习能力提高训练等工作，开展专科神经电生理、心理测试等检查。对儿童急性脑损伤、小儿癫痫、神经肌肉疾病、儿童多动症、抽动障碍、孤独症、学习困难、小儿厌食、遗尿症、神经性呕吐、再发性腹痛、智力、性格和各种行为异常等疾病的诊治达国内先进水平。该专业组人员在全国以及省级专业学会中曾担任和正在担任重要职务，如全国优生优育协会、心身医学学会、中国心理卫生协会理事长、副理事长；全国儿科学会委员；全国小儿脑瘫专业委员会常委、全国行为发育儿科协会理事、中华医学会儿科分会神经学组成员、中国心理卫生协会青少年心理卫生专业委员会委员、省儿科学会主任委员、副主任委员、福建省儿童神经及发育行为学组组长、围产保健协会副主任委员，省围产医学分会常务委员等。
儿童呼吸、免疫、变态反应专科系福建医科大学变态反应病研究中心，在省内首家开展了儿童肺功能检测、过敏原点刺试验及脱敏疗法，参加了全国哮喘协作组，参与了全国0～14岁儿童哮喘流行病学调查，根据全球最新GINA方案对哮喘儿童进行规范化诊治。承办多期省医学继续教育项目及“哮喘之家”健康教育讲座，为福建省培养一批专业骨干医技人员。近年不断引进新技术，应用进口肺功能仪和哮喘生命质量问卷监测和评估病情以指导治疗，提供多种药物和治疗方法选择，包括药物雾化吸入等，指导病人掌握环境控制和吸入装置药物吸入技术，大大提高了治疗效果及哮喘儿童的生活质量。
儿童内分泌、遗传代谢病专科是省内为数不多能开展生长激素激发试验、LHRH激发试验、骨龄测评、胰岛素泵等项目，对儿童生长迟缓、矮小、肥胖、性早熟、糖尿病等儿童常见内分泌疾病进行规范化诊治的专科之一。引进的《青少年儿童骨龄评估系统软件》准确评估儿童骨龄、预测生长潜能及月经初潮时间等；在用基因重组人生长激素治疗各类矮小症、促性腺激素释放激素拟似剂治疗真性性早熟方面积累了较为丰富的临床经验；对儿童糖尿病、甲状腺疾病、肾上腺疾病等遗传代谢病的诊治水平也居省内领先地位。并与上海复旦大学儿科医院、广州中山大学附属第一医院等国内一流医院长期进行学术交流及技术合作。
儿童发育行为及保健专业在国内率先开展儿童预见性发育行为保健，近年来在儿童保健工作中增加了心理发育指导项目、家庭系统干预指导，形成了自己的特色，取得了很好的临床效果，吸引了省内外多家单位慕名参观学习取经。许多具有宫内异常、早产、围产期窒息、低出生体重、病理性黄疸、产伤、母亲糖尿病等脑瘫高危儿，通过该科特色的早期干预及家庭系统化干预辅导，避免或减轻了脑损伤后遗症的发生，创建的早期教育方案、学习能力提高训练、儿童早期智力开发对儿童的学习能力有明显的促进作用。
随着医学的发展，人们已经认识到许多慢性疾病，如癫痫、哮喘、过敏性疾病、性早熟、矮小症、发育迟缓、抽动症、多动症、孤独症、脑性瘫痪、智力障碍、矮小症、性早熟、糖尿病、肾脏疾病等有很大一部分是在儿童期患病，并由儿童期患病延续至成人期的。近年来，该科利用该院多学科的优势，建立多学科的协作。开展儿童神经、发育行为、呼吸、内分泌、心血管等疾病慢病系统化管理，为慢病儿童提供科学的医疗信息和医治方案，使家长掌握针对性的家庭治疗方法，有效地减少家庭负担及医疗成本，明显提高了慢病儿童治疗效果和生活质量。
开展特色项目：儿童多导睡眠图、视频脑电图及动态脑电图检测；儿童心理测验、心理咨询、心理治疗；过敏原点刺试验；婴儿高压氧治疗；生酮饮食治疗；骨龄及生长发育评估；预见性儿童保健指导；高危儿脑损伤的早期干预；婴幼儿早期智力开发；儿童学习能力提高训练；儿童智力鉴定等。并开展针对儿童癫痫、哮喘、慢性咳嗽、糖尿病、矮小症、性早熟、抽动症、多动症、（智力、语言、运动）发育迟缓、学习困难、先天性心脏病等疾病的系统化管理。
