放射治疗科是全省特色领先专业，放疗技术进入国内先进行列，全省唯一达到世界卫生组织放疗中心质量标准
放疗科（16区、17区、18区、19区）设胸部、软组织肿瘤、腹部、乳腺、骨肿瘤、头颈、淋巴瘤放疗等4个病区，床位230张。放疗技术中心设技术组、放射物理室、模拟机室、制模室、后装治疗室、妇科后装治疗室、放射治疗研究室。放射治疗设备齐全，技术先进，放疗临床医师、放射物理师、放疗技术人员力量雄厚，人才配套、设备齐全，在省内独一无二，是福建省放射治疗质量控制中心的挂靠单位。
副院长潘建基主任医师、留学法国医学博士、福建医科大学教授、博士研究生导师，为全省肿瘤放射治疗学科带头人，是福建省放射治疗质量控制中心主任、中华医学会放射肿瘤治疗学分会副主任委员和鼻咽癌学组组长、中国抗癌协会肿瘤放射治疗专业委员会常委、中国抗癌协会鼻咽癌专业委员会副主任委员、中华放射肿瘤学杂志副总编、福建省医学会放射肿瘤治疗学分会和省抗癌协会肿瘤放射治疗专业委员会主任委员。吴君心主任担任中华放射肿瘤治疗学分会青年委员会副主任委员、省医学会放射肿瘤治疗学分会副主任委员。
放疗科按放射治疗中心的国际质量标准配备放射计划和治疗设备，引进当今欧美国家最先进的规范化放射治疗模式，并形成了特色。建立了完善的放射治疗质量保证和控制系统，确保放射治疗质量。成功地开展了适形放疗、调强放疗、影像引导的放射治疗、X光刀、全身电子线照射和X线照射、术中放疗、近距离组织间放疗和深部热疗、放化疗综合治疗、基因治疗联合放疗、呼吸门控等新技术新项目。近距离放疗研究系列居国内领先水平，已开展腔内和组织间个体化优化的高剂量率近距离放疗1500例（不包括妇科后装），鼻咽癌咽旁间隙插植技术获福建省科技进步奖三等奖、福建省优秀技术创新成果一等奖、福建省自然科学优秀论文二等奖。在亚洲首先开展六维配准定位、锥形束引导的放射治疗技术(IGRT)，达到高度精确和准确放疗，对病人损伤最小，疗效最好。开展国际最先进的调强放疗（IMRT）和适形放疗，使放射治疗疗效进一步提高，患者治疗后生活质量明显提高，是国内开展该技术最多的医院之一。在鼻咽癌、肺癌、食管癌、乳腺癌、恶性淋巴瘤、直肠癌等各种常见恶性肿瘤的放射治疗研究上，取得了良好疗效。科研成果发表在Jco、Larynscope和Int、J、Radiat、Oncol等国际杂志。有福建医科大学博士生导师一名、硕士生导师3名，培养放疗专业研究生，接受各省市放疗进修医师培训，承担福建省自然科学基金项目、福建省科技项目、福建省医学创新项目等研究。主办国内外大型学术会议20多次，其中“福州国际放射肿瘤新进展大会”已形成系列和特色，被誉为国内外放射治疗学术交流的平台。
放疗技术中心有加速器5台，分别为当今最先进的美国瓦里安、德国西门子和英国依柯达产品。加拿大T-1000E钴60治疗机、荷兰核通X光刀立体定向放射治疗系统（TPS）、荷兰飞利浦大孔径16排CT模拟定位机、荷兰核通模拟定位机2台和放射治疗计划系统，荷兰核通铱192后装治疗机2台等。近距离放射治疗技术居国内领先水平。
