福建省立医院胃肠外科是在原普外科胃肠专业组的基础上成立的，普外科胃肠专业组具有悠久的历史，实力雄厚。为了使队伍更专业化，更好地为患者服务，而专门成立了胃肠外科。其技术力量居省内一流水平。现有主任医师两名：何协主任，原省立医院副院长，福建省著名的外科专家，在福建医学界可谓德高望重；李建党主任，现为福建省立医院副院长，全国创伤协会委员，福建外科学会副主任委员，技术精湛，医德高尚。黄良祥副主任医师，在胃肠外科，尤其胃肠道肿瘤外科治疗方面具有较高的造诣，年富力强，能全心全意为病人服务。另有三名高年主治医师，和两名住院医师组成老中青结合的精干队伍。
胃肠外科业务是胃肠道疾病的外科治疗，包括良性疾病和恶性疾病，尤其胃肠道肿瘤综合治疗方面更专业化，每年做了大量的胃肠道肿瘤手术。在贲门癌根治术和直肠癌低位保肛手术、家族性息肉病外科治疗等达国内一流水平。开展胃肠道微创手术，如结直肠癌和胃癌腹腔镜下手术，腹腔镜下消化道穿孔修补等，另外开展了腹部创伤及急腹症等常见病的诊疗工作。
