新生儿科创建于1984年，1987年正式建立新生儿病房，现病床32张，病房每年收治患儿1000余名。
新生儿科拥有吴婉芳、徐放生、王秀芳、秦雨春、张伟、李莉，米荣、李铁耕等知名新生儿专家。
新生儿目前拥有专业医师12人，包括主任医师5人、副主任医师2 人、主治医师2 人，硕士学位5人，博士学位 1人，2人完成赴美国进修新生儿专业学习。.现有新生儿专业病房、新生儿专业门诊、新生儿专家门诊和新生儿实验室（临床实验室内）。
新生儿专业具有国内一流的诊治水平，一年收治病人数1000余人次。病床使用率100%，治愈好转率98 %，抢救成功率90%以上；出入院诊断符合率98%；七日确诊率98%；院内感染率2%以下。
借助首都儿科研究所雄厚的基础实力，新生儿专业对各种常见疾病和各种疑难重症的诊治积累了丰富的临床经验，自九十年代起本专业对各种新生儿肺炎病原包括：病毒、细菌、衣原体等开展了深入的研究，采用对因和对症的综合治疗方法，疗效显著。对其它感染性疾病包括宫内感染、乳儿肝炎等诊断治疗依据国际通用的可靠的检测手段，采用先进的治疗方案，得到同行普遍认可，对早产儿、化脓性脑膜炎、败血症、高胆红素血症、胆汁淤积症等危重症治疗均达到国内一流水平。
近年新生儿专业临床积极开展应用新技术，使得一些疑难重症的治疗达到国内外先进水平：1）巨细胞病毒pp65抗原检测诊断活动性巨细胞感染由新生儿科创建，已经应用于临床检测，接受院内外标本，为提高我所宫内感染诊断水平奠定基础。2）新生儿经外周血管中心静脉：在北京市率先开展，为危重、需要长期静脉营养的患儿提供了有用的静脉通道，减少了患儿的损伤。并应邀到外院交流。3）快速CMV病毒分离方法建立。4）丹参注射液治疗新生儿缺氧缺血性脑病：由我所新生儿科首先建立，通过动物模型和临床验证，已经被全国采用。5）新生儿外周静脉双通路同步换血术：减少换血损伤，提高安全性，在我所已经完全替代了经脐静脉换血术。6）CPAP治疗新生儿肺透明膜病：对家庭经济条件差的患儿进行治疗，分别对I、II患儿开展过治疗，取得了较好的治疗效果，减轻了家长的负担。7）色素失禁症临床管理和基因诊断，已经服务于大量各地的患儿。8）正逐步完善“胆汁淤积症”患儿临床诊断治疗和管理，以使其达到国际水平。9）开展了新生儿听力筛查。
新生儿专业获得多项技术成果：“溶血直接接种法”获北京市卫生局科技成果一等奖；“新生大鼠缺氧缺血性脑病实验研究”获北京市卫生局科技成果二等奖；“人乳蛋白制剂临床应用”获北京市卫生局科技进步二等奖；“新生儿缺氧缺血性脑病和窒息的研究”获北京市科技成果三等奖。共发表文章130余篇，其中核心刊物50篇。
