本院于1975年在盐城市和全省县级医院中率先开展神经外科，1994年被列入盐城市医院临床重点专科。目前常规开展颅脑外伤、颅骨整形、大脑凸面及矢旁镰旁脑膜瘤、大脑半球胶质瘤、垂体瘤、颅咽管瘤、小脑半球及蚓部肿瘤、桥小脑角肿瘤、椎管肿瘤、脑室外引流、脑室-腹腔分流、三叉神经痛等神经外科手术，成功开展了大脑后动脉瘤夹闭术、侧脑室肿瘤摘除术、浅层动静脉畸形切除术、颅内外动脉吻合术、巨大嗅沟脑膜瘤摘除术、巨大脑内脓肿摘除术、脑干背侧四脑室肿瘤摘除术。本科拥有专用层流手术室，配备有全套神经外科、显微神经外科手术器械，电动颅钻，颅内压监测仪，心电监护仪，进口双极电凝，进口手术显微镜，进口手术用头灯，人工呼吸机，冰毯机等先进设备，为适应科室发展，本科于2008年5月8日扩大为六病区（神经外科，54张床位，以颅脑外伤、颅脑肿瘤为主）和十九病区（脑血管病及介入治疗中心，30张床位，以脑血管病及血管介入治疗为主）两大病区，目前本科技术力量雄厚，人员结构合理，治疗规范专业，服务热情周到，受到众多患者及家属的好评。
