中大医院肛肠科自成立近40年来，一直发挥"中西医结合"优势，在周边地区有着较大的影响。目前在编医师全部拥有硕士研究生及以上学历，并有具有肛肠科丰富诊疗经验的老专家坐诊。
该科室擅长以"中西医结合"的方法对肛肠科常见疾病及疑难杂症，如环状混合痔、复杂性肛瘘、高位肛周脓肿、直肠脱垂、大肠肿瘤、便秘及结肠炎等进行诊断与治疗，尤其对围手术期的医疗护理有独特之处；该科同时承担着东南大学医学院肛肠学科的科研、教学工作。
该科室以东南大学附属中大医院的先进诊疗设备为依托，拥有先进的现代诊疗技术，如直肠内超声、激光、微波等；同时结合挂线、结扎及中药坐浴等传统医学方法对患者进行个性化治疗。
在手术方面，通过对中、西医优点的互补使手术方式得到进一步完善。引进了现代高科技的PPH术，显著缩短了环状混合痔患者住院时间，减少了术后出血，明显降低了复发率。
该科室术后镇痛技术处于国内同行业领先水平。对于患者惧怕的术后疼痛，联合使用中西药物，以超前镇痛、平衡镇痛及自控镇痛等先进的镇痛方法进行治疗，使绝大多数患者达到了术后基本无痛的效果。
