中心下属三个二级单位，即检验科、中心实验室和输血科。其中，检验科包括免疫室、生化室、临检室和微生物室四个专业实验室，主要是为临床患者提供临床检验、临床生化、临床免疫和临床微生物学检查；中心实验室属科研型单位，主要承担国家、北京市、铁道部及全院相关科研任务；输血科主要承担全院的临床用血、急诊用血、用血审批等工作及用血相关实验室检查。
