原为传染科，1985年成立，属大内科，邵安琪任主任，俞凤权任护士长，1993年从大内科划出，邵安琪任主任，陆仲昌任副主任，陈素珍任护士长，1997年陆仲昌任副主任（主持工作），陈学权任副主任，封辉任护士长，2003年11月陆仲昌任主任，陈学权任副主任，杨春萍任护士长，2005年经卫生部批准将发热门诊、肠道门诊、传染科门诊统一合并为感染性疾病科门诊，传染病区统一更名为感染性疾病科病区，2007年陈学权任主任，2009年刘琳任护士长。
建院初期，医院即开展以黑热病、乙脑、疟疾等传染病的防治工作，并组织医疗小分队深入该县三圩、刘庄、白驹等乡镇进行梅毒、雅司等防治工作，1955年治疗梅毒、雅司255人，1953年去新丰镇注射白喉类毒素636人。
1953年，设正式传染病房四间，有床位12张，主要收治肺结核、肝炎、乙脑等。临床医疗工作由内科医生负责。
1961年，医院迁至现址后，单独设传染病区，设病床40张。1983年，因流行性出血热病增多，病床加至49张。因传染病区与普内病区在同一楼内，上级历次医疗质量检查都认为布局不合理，不符合传染病隔离要求。
1995年，内科大楼建成后，感染病房搬到原普内病区。经过修缮和改造，成了独门独院的病区，设清洁区、污染区、半污染区，另配有一间消毒室。至此设病床30张，有主任医师1名，副主任医师1名，住院医师6名。2007年因建病房大楼，原传染病区拆除，搬迁至卫生培训中心，2012年1月搬回医院，床位38张分消化、呼吸病房，设清洁区、半污染区、污染区，布局合理。
从建院初期至70年代末，收治传染病人较多，且病种也较复杂。80年代以收治肝炎、流行性出血热病人居多。90年代以后，随着计划免疫工作的深入开展，医疗水平的提高，社会人群卫生条件的改善，一些传染病的发生和流行得到有力控制，致使收治病人逐年减少。感染科承担全县范围业务指导、会诊、临床教学的任务，在治疗肝炎、结核、各种发热、流行性出血热等方面有丰富的临床经验。2003年抗非典期间，感染科担负着重大任务，全体医护人员不辱使命，紧紧围绕抗非典中心工作，制定预案。江苏省方强农场一非典疑似病人到该院后，及时隔离治疗，后康复出院。感染科从主任到工作人员，忘我工作的精神，严谨的科学态度，得到了上级部门的肯定。同时得到省市部门的表彰。
2005年感染科购置腹水超滤回苏仪，对肝癌、肝腹水患者临床运用，起到明显效果。
感染科现有主任医师3名，副主任医师1名，主治医师1名，住院医师1名。
