北京八一儿童医院小儿外科现有普通病房及监护室病房共90张床位，主要治疗新生儿外科、小儿普通外科、小儿肿瘤外科、小儿泌尿外科以及胸外科等专业的常见病、多发病，以及疑难杂症等。拥有有以博士、硕士为主的优秀外科专科人才。
在开展大量传统手术的同时，儿童外科把微创外科和肝移植作为学科的两大特色。团队骨干为在国内最早开展儿童微创外科和儿童肝移植的主要成员。
小儿外科开展范围
新生儿外科：主要治疗新生儿食道闭锁，胃食管反流，胃壁缺损、幽门梗阻、十二指肠梗阻、肠旋转不良、肠闭锁、肠重复畸形、美克尔憩室、先天性巨结肠、各种肛门直肠畸形（肛门闭锁、肛门狭窄、直肠尿道瘘、直肠阴道瘘）、新生儿膈疝，腹壁裂，脐膨出，消化道穿孔（胃破裂、肠穿孔等），胆道闭锁等。
小儿普通外科：主要治疗斜颈，甲状舌管囊肿，小儿急腹症（包括阑尾炎、腹膜炎、消化道出血、嵌顿疝、消化道穿孔以及腹部外伤等），腹股沟疝，巨结肠，肠重复畸形，先天性胆总管囊肿，门静脉高压症，各种腹部良恶性肿瘤（肝脏肿瘤，胰腺肿瘤，腹膜后恶性肿瘤，畸胎瘤等），体表肿瘤（血管瘤、淋巴管瘤、脂肪瘤、神经纤维瘤以及各种小肿物）。
小儿泌尿外科：主要治疗肾肿瘤，膀胱肿瘤，肾盂积水（肾盂输尿管交界部狭窄），膀胱输尿管交界处梗阻，膀胱输尿管反流，重肾双输尿管，脐尿管囊肿，隐睾，尿道下裂，尿道瓣膜，包茎，隐匿阴茎，鞘膜积液，精索静脉曲张，睾丸急症（睾丸扭转、睾丸附睾炎）等。
小儿微创外科：利用胸腔镜、腹腔镜及膀胱镜开展多种微创手术，例如：腹腔镜贲门胃底折叠术、膈肌修补术、美克尔憩室切除术、幽门环肌切开术、阑尾切除术、疝囊高位结扎术、胆道探查术、胆总管囊囊肿切除术、腹腔探查术、睾丸下降固定术、精索静脉高位结扎术；膀胱镜检查异物取出及活检术；肺大泡切除术等。
特色手术：
小儿肝脏移植手术
漏斗胸矫形NUSS手术
