儿童专病科病房位于八一儿童医院五层，主要收治非感染类疾病，由小儿神经、血液（肿瘤）、肾脏、内分泌、免疫等专业组成，拥有一支以医学博士、硕士为主体的技术精湛、医德高尚、团结协作、无私奉献的医疗团队。
儿童专病科目前有床位58张，包括普通床位44张、VIP床位14张。普通病房宽敞明亮，配有独立循环通风系统，避免交叉感染；每病房3张床位，设有家长陪住，配备卫生间及洗浴设备，床位收费符合北京市普通病床收费标准。VIP病房为标准单间配置，满足家庭日用需求，并提供国内一流的医疗小组服务。
小儿神经发育专业：主要收治小儿癫痫、神经系统感染性、自身免疫性疾病、遗传代谢疾病、缺氧缺血性脑病智残期前干预、小儿脑血管疾病；科室拥有视频脑电图、视-听觉诱发电位、肌电图等现代化医疗设备。拥有主任医师带领下的技术精良的专业团队，可为您提供全面、权威的医疗服务。
在遗传代谢疾病诊断方面，以八一儿童医院遗传代谢实验室为依托，在多种遗传代谢病的诊治方面处于国内领先地位。
小儿血液专业：主要收治儿童急慢性白血病、再生障碍性贫血、淋巴瘤及自身免疫性溶血等，依靠全军骨髓造血干细胞移植中心，以单倍型造血干细胞移植、亲缘和非亲缘HLA相合异基因造血干细胞移植、难治和复发白血病造血干细胞移植治疗、儿童造血干细胞移植为特色，使更多血液病患儿得到有效的救治。
小儿泌尿专业：主要诊治血尿、蛋白尿，难治性肾病综合征、肾炎、泌尿道感染及肾小管等疾病。目前科室与儿童重症中心联合开展小儿肾衰竭血液净化。
小儿感染与免疫专业：主要收治儿童风湿性疾病、系统性红斑狼疮、血管炎综合征、免疫缺陷病、婴儿肝炎综合征、变态反应性疾病等。
