北京大学第三医院心脏外科是一个建立在全新理念上的高技术专业学科。以人为本，病人至上是他们最基本的宗旨。努力捍卫生命的尊严和重塑健康生活是他们永恒的追求。高技术设备、高素质医护人员和北京大学第三医院的整体技术优势构成了先进的心血管疾病医疗平台。
心外科病房位于外科楼六层。心脏外科专用手术室和体外循环准备室位于外科楼二层。外科病房规格高、环境好而且收费低。手术室和术后监护病房装备国际一流。人员分工为：心脏外科手术医师、围手术期监护医师、辅助循环灌注医师和心脏外科专科护士。各部门分工明确、业务精湛、合作严密，为医疗工作提供了有力保障。
目前临床业务范围涵盖除新生儿手术以外的先天性心脏病、心脏瓣膜疾病、冠状动脉粥样硬化性心脏病、房颤、大血管疾病、肺动脉栓塞和各种终末期心脏病的外科手术治疗。所开展手术包括：先天性心脏病矫治、心脏瓣膜成形及瓣膜置换、冠状动脉旁路移植、房颤射频消融术、心室成形、心脏肿瘤切除、大动脉疾病的介入治疗、各种术式的主动脉置换、肺动脉切开取栓、ECMO及VAD循环辅助及人工心脏。其中以非体外循环冠脉搭桥手术技术居全国领先地位。
建科初期，共有杨碧波、李潮、高峰、崔仲奇等外科医生4人，刁国华为体外循环师，徐敏为监护医师，张文先等专科护士13人。共有普通病床11张，监护病床4张。在医院领导和兄弟科室的大力支持和协助下，心脏外科顺利度过磨合阶段，全面开展各种心脏手术。2001年6月，成功完成首例急性暴发性肺栓塞患者肺动脉切开取栓治疗；2005年4月，完成首例心源性休克患者体外膜肺氧合支持（ECMO）治疗；2005年6月，完成首例双心室辅助装置（VAD）置入术；2005年9月，完成北京大学首例同种异体原位心脏移植手术。近七年来，共开展各种心脏外科手术近600例。
2009年12月万峰主任回到三院，任心脏外科学术带头人和科室主任，同期人民医院解基严主任来到北医三院心脏外科任常务副主任，当时北京大学系统心脏外科仅有的二名博士生导师坐镇三院，使北京大学第三医院心脏疾病外科治疗水平有了飞速的提高，一举将缺血性心脏的手术治疗推向到国内领先水平。
在开展临床医疗工作的同时，还承担北京大学医学部医学生、研究生的临床教学和科学研究。在临床医疗及科研领域与国内外机构及学者开展了广泛和卓有成效的合作。
